STAP細胞で有名になった理化学研究所の小保方晴子（その他）。時の人だ。はやくもノーベル賞受賞濃厚と騒ぐ人もいる。
現在そんな彼女が"ある分野"でも話題になっている。すでに彼女が筆頭著者になっている論文にいくつかの指摘がある。STAP細胞の議論関連のサイトも一部で話題だ[1]。
一部紹介すると次のもの。
☆1 Obokata H, et.al.:"The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers." Tissue Eng Part A. 2011 Mar;17(5-6):607-15. doi: 10.1089/ten.TEA.2010.0385. Epub 2011 Jan 10.
に関する指摘。なお、小保方の博士論文概要の5ページ目にある研究業績書No.1報文（2）をみるとこの論文が記載されている。この論文は小保方の博士論文の成果の一部。
（１−１）異なる条件の実験画像が類似しておりデータ流用が疑われます。また同じ画像を3回流用していること、半分だけ切り貼りして使っていること、上下反転という偽装加工が含まれることから故意の流用が疑われます。
画像1、作成者 世界変動展望 著者
（１−２）異なる条件の実験画像が類似しておりデータ流用が疑われます。
画像2（参考） 作成者 世界変動展望 著者
New！（2014.2.24）
（１−３）異なる条件の実験画像が類似しておりデータ流用が疑われます。
画像1-3、作成者及び指摘者11jigen。
☆2 Haruko Obokata, et.al.:"Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency" Nature 505, 641–647 (30 January 2014) 、doi:10.1038/nature12968 PDF、写し。
に関する指摘。これはSTAP細胞論文のArticleです。
（２−１）第3レーンの両側に不自然な直線があります。背景画像も連続していません。これは明らかに異なる画像を貼り付けて作成したものです。不都合なデータを差し替えた可能性があるので生データの精査が必要です。また下の画像は貼りつけ部分に明確な境界線がなく、説明もないので、それらの明示を要求したNature誌の画像規定に違反している可能性があります（参考）。
画像3 （[2]、参考） 画像はわかりやすくするため色等の変更あり。
説明画像作成者 世界変動展望 著者、画像自体の作成者はPubPeer投稿者。
New！（2014.2.23）
（２−２）（この部分は最初から画像2-2の部分まで11jigen作成の疑惑画像3の引用、ただし画像2-2部分にキャプション追加）図3bのコントロール（未刺激）細胞のOct4-GFP（緑色）の蛍光顕微鏡写真（左下）の下部中央に、なぜか赤い細胞が存在し、ネガコン（陰性対照）画像として不適切という疑惑が浮上しています。
画像2-2、作成者11jigen
画像2-2-1、作成者 世界変動展望 著者
私の画像ソフトでは明るさ＋39、コントラスト＋98
左側だけ全体的に赤色の画像になるので、左のコントロール（未刺激）細胞だけ赤のフィルターを通した画像だと推測される。Oct4-GFPの緑色蛍光を消すためなのか・・・意図は不明。画像を誤って載せた可能性もあります。しかし、Oct4-GFPが発現していない証拠にはなりません。
New！（2014.2.26）（2014.3.1加筆）
（２−３）この論文は引用元の明示なく他者の論文の文章を使用しています。これは盗用を示唆しますが引用元を書き忘れた可能性もあります。赤色が重複部分。
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Nature Article（☆2）
Karyotype analysis
Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAP stem cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 µg ml−1) to the culture medium for 2.5 h at 37 °C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin and EDTA (EDTA), re-suspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a pre-warmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37 °C. Cells were centrifuged for 5 min at 1,200 r.p.m. and the pellet was re-suspended in 3–5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times before spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labelled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described41. For each cell line, 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolour karyograms.
引用元、
Jianli Guo, et al.:"Multicolor karyotype analyses of mouse embryonic stem cells" In Vitro Cellular & Developmental Biology - Animal
SEPTEMBER and OCTOBER 2005, Volume 41, Issue 8-9, pp 278-283
Materials and Methods
Chromosome preparation
Metaphase spreads of the ES cells were performed as follows. Subconfluent ES cells were arrested in metaphase by adding colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37° C in 5% CO2. Cells were washed with PBS, treated with trypsin-ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KCl solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37° C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3–5 ml of 0.0375 M KCl solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3:1, vol:vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides.
Multicolor FISH analysis (M-FISH)
For M-FISH analysis mouse chromosome–specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al., 2003). For each cell line 9–15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometrics, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica MicrosystemsImaging solutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
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引用元とNature論文を比べるとethylenediaminetetraacetic acidの略であるEDTAをEDTA（EDTA）と連続させたり、KClをKC1と無意味な言葉に変換しています。機械的方法でコピペしたからでしょうか？なぜこのようなことが起きたのかは不明です。
またNature論文と引用元はライカ社（Leica Mikrosysteme GmbH）の DM RXA RF8 落射蛍光顕微鏡（epifluorescence microscope ）と、フォトメトリクス社 (Photometrics)の Sensys CCD カメラの実験機器名が共通しており、小保方らは実験器具まで引用元と同じものを使ったのか？それは本当に可能か？小保方が研究室を立ち上げた時にはこれらを入手するのは困難では？論文の記述どおりにKaryotype analysisの実験を行わなかったのでは？という疑義も指摘されています。引用元と比較するとNature論文は実験器具メーカーの所在地や国名をなぜか削除しています。
野依良治理研理事長は「参考にした文献を故意に引用しない、他の著者の論文から表現の一部を借りながら自分のものとして発表する」ことは剽窃であり許されず科学に対する裏切りだと厳しく戒めています。
なお、同様の剽窃がC.A.Vacanti、小保方晴子らの特許でも確認できます。引用元の明示はありません。引用元との重複を赤で示します。引用元と比較するとCO2（シーオーツー）をC02（シーゼロツー）と意味のない表記に変更しています。なぜこのようなことが起きたのかは不明です。
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Vacanti,小保方らの特許、
Generating pluripotent cells de novo WO 2013163296 A1、
[00290] Karyotype analysis. Karyotype analysis was performed by Multicolor FISH analysis (M-FISH). Subconfluent STAPS cells were arrested in metaphase by colcemid (final concentration 0.270 μg/ml) to the culture medium for 2.5 h at 37°C in 5% C02. Cells were washed with PBS, treated with trypsin/ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), resuspended into cell medium and centrifuged for 5 min at 1200 rpm. To the cell pellet in 3 ml of PBS, 7 ml of a prewarmed hypotonic 0.0375 M KC1 solution was added. Cells were incubated for 20 min at 37°C. Cells were centrifuged for 5 min at 1200 rpm and the pellet was resuspended in 3-5 ml of 0.0375 M KC1 solution. The cells were fixed with methanol/acetic acid (3: 1; vol/vol) by gently pipetting. Fixation was performed four times prior to spreading the cells on glass slides. For the FISH procedure, mouse chromosome-specific painting probes were combinatorially labeled using seven different fluorochromes and hybridized as previously described (Jentsch et al, 2003). For each cell line, 9-15 metaphase spreads were acquired by using a Leica DM RXA RF8 epifluorescence microscope (Leica Mikrosysteme GmbH, Bensheim, Germany) equipped with a Sensys CCD camera (Photometries, Tucson, AZ). Camera and microscope were controlled by the Leica Q-FISH software (Leica Microsystems hangingsolutions, Cambridge, United Kingdom). Metaphase spreads were processed on the basis of the Leica MCK software and presented as multicolor karyograms.
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（２−３）の部分は11jigenのまとめブログを参考にしました（写し）。
New！（2014.3.5）
（２−４）この論文は引用元の明示なく他者の論文の文章を使用しています。これは剽窃を示唆しますが引用元を書き忘れた可能性もあります。赤色が重複部分。「2006年にMerck Milliporeに買収されたChemicon社のURLや同社の古い試薬名（CpGenome DNA modification kit）までコピペしていたことが指摘されています。この試薬を使ったDNAメチル化の評価実験は、実際には行われていなかったのではないか？と疑われています。」（リンク先からの引用）
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Nature Article（☆2）
Bisulphite sequencing
GFP-positive cells in STAP clusters were collected by FACS Aria. Genomic DNA was extracted from STAP cells and analysed. Bisulphite treatment of DNA was performed using the CpGenome DNA modification kit (Chemicon, http://www.chemicon.com), following the manufacturer’s instructions. The resulting modified DNA was amplified by nested PCR using two forward (F) primers and one reverse (R) primer: Oct4 (F1, 5′-GTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGATAT-3′; F2, 5′-ATGGGTTGAAATATTGGGTTTATTTA-3′; R, 5′-CCACCCTCTAACCTTAACCTCTAAC-3′). And Nanog (F1, 5′-GAGGATGTTTTTTAAGTTTTTTTT-3′; F2, 5′-AATGTTTATGGTGGATTTTGTAGGT-3′; R, 5′-CCCACACTCATATCAATATAATAAC-3′). PCR was done using TaKaKa Ex Taq Hot Start Version (RR030A). DNA sequencing was performed using a M13 primer at the Genome Resource and Analysis Unit, RIKEN CDB.
引用元、
Stem Cells. 2006 Sep;24(9):2007-13. Epub 2006 May 18.
Northern and Bisulfite Sequencing
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（２−４）は11jigenのまとめブログを参考にしました。
☆3 Haruko Obokata, et al.:"Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency" Nature 505, 676–680 (30 January 2014) doi:10.1038/nature12969 PDF、写し。
に関する指摘。これはSTAP細胞論文のLetterです。
（３−１）Figure1bはSTAP細胞のキメラ、Figure 2gはFI-SCのキメラ。しかし胎盤画像が類似しています。これは同じ個体の異なる2枚の画像のうち一方を別な個体の画像として使用した可能性を示します。
これを指摘したのは11jigenです（写し、訂正あり、訂正ツイート写し）。なお片瀬の作成図の引用は本人から問題ない旨の言及があったし、著作権法の引用として問題ないと判断している。
画像4、11jigenの指摘と訂正、写し - 2014.2.14 閲覧
（注） 上の図は2014-02-14 01:27:11のコメントによる訂正済み
上の図の作成者は11jigen、下の図の作成者は片瀬久美子（補足、補足2、写し1、写し2、写し3）
New！（2014.2.28）
（３−２）Figure1aの胎盤等の画像は通常露光と長時間露光（Long Exposure）の緑色強度が同じであり、どちらも同じ露光画像ではないかと指摘されています。
画像3-2、画像作成者と指摘者はPubPeer投稿者。
論文の著者名等やFigure1の言葉を追加したのは著者
有名人になったが故に監視の目が厳しく、話題性も高い。有名になるのは諸刃の剣だ。
今後どうなる？
参考
[1]Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency、写し、PubPeer 2014.2.13 閲覧
☆その他未解決
・岡川梓（Azusa Okagawa）国立環境研究所研究員らの件（未解決）
・立石幸代（Yukiyo Tateishi）元国立環境研究所ポスドク、柳澤純（Junn Yanagisawa）筑波大教授らの件（もうすぐ調査結果が出る）
・ディオバン（バルサルタン）事件（中間報告済み、最終報告まだ）
・小室一成（Komuro Issei）東大教授らの件（未解決、調査中）
・光山勝慶（Shokei Kim-Mitsuyama）熊本大教授らの件（未解決、調査中）
・J-ADNI（責任者 岩坪威東大教授）の件（未解決、未調査）
・岡山大学医学部の件（未解決、未調査）
・野口隆之（Takayuki Noguchi）大分大学教授らの件（未解決、調査中）
・高井教行（Noriyuki Takai）大分大元講師の件（未解決、調査中）
・井上明久（Akihisa Inoue）東北大前総長の件（未解決、調査中）、
New！（2014.2.24）
☆Nature（STAP細胞論文）、Nature Protocol誌論文の利益相反未記載問題、岡野光夫の件、大和雅之の件、
New！（2014.2.23）
☆小保方晴子の博士号申請の研究業績書に架空の業績（国際特許）を記載した可能性(リンク先の問題1)。
☆RNAseqとChiPseqのデータの未登録問題→米国時間2014年2月19〜20日頃に追加。
☆小保方晴子の博士論文審査報告書の審査員、Charles Vacantiの肩書き問題。
MD,PhD→MDと訂正（参考）。訂正は2014年2月19日。
New！（2014.2.23）
☆『ＳＴＡＰ細胞』でできたマウスの『遺伝子再構成』は？ 、
New！（2014.2.23）
☆小保方晴子の疑義の経緯、経歴
☆研究不正や業績水増しに関する論述
（続く）
マウスSTAP論文内容もほころびが見えはじめているが、他所の追試結果をしばらく待とう。
彼女がSTAP細胞だと言って若山先生に渡したとされる細胞はマウスES細胞様細胞とかマウス受精卵だったのかもしれないというSFが事実にならないように願うばかりだ。
http://openblog.meblog.biz/article/20944122.html
この方、捏造の有無を＜報道上の人格＞で判断する人（笑）。
２．各所の追試をみても、やはりヒト（成人）STAP/STAP幹細胞をつくるは、もう一工夫が必要のようだ。誰が扉を開けるのか？楽しみだ。
３．小保方さんは自身の博士論文での疑惑（限りなく黒）、NatureのSTAP論文で指摘されている疑惑を、他の先生方と一緒に説明しなければならない。
何もわからないマスコミから少々きつい追求がくるかもしれないが。こういうときこそ、後ろに控えている大御所に知恵を借りればいい。
ちなみにNature誌は「捏造画像」がたくさんあっても大修正対応で再掲載してフォローしてくれる。ノバルテイス事件で話題の東大の小室教授の論文が、そうやって昨日、再掲載されたし。ハッピー・バレンタイン！
小保方晴子氏のNature論文(Article)の疑惑１
Figure1のi の電気泳動画像は複数のレーン画像を切り貼りして合成したものか？
レーン３と、レーン２，４の間に境界線有り。
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html …
http://i.imgur.com/pdxuKOp.png
説明図にtypoがあったので、訂正しました→
http://blogimg.goo.ne.jp/user_image/57/56/bd9e7c2642ffe8d9179f7714ba6fe8e8.jpg?random=e5fca4d60c084280a8694b806e12e9bb …
ここまで明らかになった以上、ジ・エンドかと思います。
刺激を与えれば分化している細胞が多能性を獲得する話までは信じられたよ。
しかし、STAP細胞が自己複製能力はないものの全能性を有する（胎盤に入る）がSTAP幹細胞になると自己複製能力が備わるものの全能性は無くなり多能性を獲得するのみという点は熟考していた。
何のことはない、皆さんが指摘されたように捏造されていたからなのか。。。
＜全能性を有するSTAP細胞＞の発見は壮大な創作だったのか・・・。
なぜSTAPをつくったハーバードにあるHSCI（幹細胞研究所）のメルトン先生をはじめとする超大御所がノーコメント状態なのか。HSCIのHPを見てもSTAPの記述が無いのは不思議だった。ハーバードのバカンテイ軍団とは距離を置いているのだろう。
さて、ここでの説明を持って日本のTV局のアメリカ支店は、ボストンにいってくれ！まず、HSCIのメルトン博士にもコメントをとり、バカンテイラボを直撃せよ。もはや追試ではない。「事実の解明」だ。Natureの東京特派員も本部に現状を伝えるべく仕事しようよ！
総理も小保方さんが現政権の足を引っ張ることになろうとは夢にも思わなかったろう。
でも、今日のバレンタインデーまではまだ大丈夫。
このようにネットでの騒ぎでまだ済んでいる。
指摘者は＜告発＞というより、まずはソフトに＜疑問の解明＞を早稲田と理研に求めると良いかもしれない。
恐らく、彼女の方法とは異なるやり方でしか「ヒト成人STAP幹細胞」はつくれないだろうが、誰が、それを成し遂げるのか？新たな興味が沸いてきた。
Fig.2のFgf5とFig.3のNat1の実験画像が類似している。
http://blogimg.goo.ne.jp/user_image/0a/5b/3fd0cbcde0c122eb28d4783638a9ca68.jpg
これから検証が進むでしょうね。それにしても、和製ベートーベン事件に次いでのこの美人研究者の問題、日本は大丈夫か？
こんなメーリングリストでなくて早く小保方さん他著者の人たちのオフィシャルな会見がほしいですね。
From: 若山:
Sperm-eggの皆様
ご心配をおかけしており大変申し訳ありません。
再現できないという文句はいずれ来るだろうと思っていましたが、図のミスがいくつかあるとは思っていませんでした。再現性より図のミスの方が痛いです。
新聞やインターネット上でいろいろミスを指摘されていますが、結果を否定するのは一つもありません。電気泳動の指摘も、コントロール（リンパ球）のレーンの位置であり、実験区は指摘されていません。胎盤の写真は、おそらく僕が同じ試料をピンセットで向きを変えて撮ったものだと思いますが、そもそもこの図は再投稿の際に削除するのを忘れた単純ミスで、テキストのほうでは触れていません。したがって、ミスしたことは申し訳ないと思っていますが、本筋の結果に関して問題はなく、すでにNature側と修正を交渉中です。
次に再現性の問題ですが、理研の発表で簡単ということを強調しすぎたのも原因です。僕自身、理研では再現していますし、学生の一人も成功しています。でも試した他のメンバーは失敗です。（２／５人成功）。
クローン羊ドリーは、クローンマウスの論文が出るまで１年半、疑われ続けました。簡単に見えても、技術を要する実験は、すぐには再現できなくて当然です。まさか発表からたった２-3週間でこれほどまで批判があるとは思っていませんでした。それだけインパクトがあったとポジティブに考えることにします。僕が２００８年に発表した凍結死体からのクローンは、いまだに再現されていませんが、だれも何も言いません。インパクトなかったようで残念です。
よそのラボが再現した論文を発表するまで批判され続けそうですね。
こちらのサイトに来ました。
今日になってTwitterのRTで「STAP細胞論文の
再現が出来た」というニュースが回っています。
不正があったけど、再現は出来たという事
なのでしょうか？