2014年03月05日

◆ STAP細胞の実験手順が公開

 STAP細胞の実験手順が公開された。

 ──

 正式発表は理研のページ。
  → STAP細胞作製に関する実験手技解説の発表について

 詳細な手順は、Nature protocol exchange にあるとのことだが、発表にはいくらか時間がかかるらしい。

 簡易版の手順は、下記。(無料)
  → PDF版

 その機械翻訳は、下記。
  → Google 翻訳

 ──

 最後の機械翻訳を見るとわかるが、非常に条件がシビアである。私は前に「圧力がポイント」と述べたが、そのレベルの話ではない。ポイントは一箇所だけでなくて、たくさんある。
 これはまるで、迷路のなかで唯一の正解を見出すようなものだ。これでは、たいていの人が失敗するのも、当選だろう。





maze.png








 複雑な迷路があれば、人は簡単には通り抜けられない。あらかじめ手順(正解の通路)を教えられていれば簡単だろうが、そうでなければ、行きつ戻りつで、莫大な試行錯誤が必要となる。「1週間だけ何度も試行錯誤しましたが、通り抜けられませんでした」というのでは、とうてい足りないわけだ。

 にもかかわらず、「私はトライしましたが失敗しました」という報告が 10件あったというだけで、「ここを通り抜けることは不可能」と決めつけた人が、わんさとあふれたわけだ。
 こういう人たちは、「迷路というものを通り抜けるには多大な試行錯誤が必要だ」ということを理解できていないわけだ。

 なお、次の反論もあるかもしれない。
 「簡単に再現できると述べた小保方さんは、嘘つきだ!」

 いやいや。それは早とちりだ。今回公表された手順を、マニュアルに従って実験するだけなら、たいして面倒ではあるまい。手練れの人なら、「簡単だ」と言えるだろう。
 ただ、手順は簡単であっても、その簡単な手順にたどり着くことは容易ではないわけだ。

 ひとことで言えば、今回の正解は「エレガントな解答」なのである。それは、いったん教えられてみれば、あまりにもシンプルであり、理解することは容易だ。ただし、それを自分で思いつくことは、ものすごく難しいのだ。
 そして、それを理解できなかった人々は、小保方さんに比べて圧倒的に能力が低かったことになる。
 換言すれば、小保方さんは世界の一流の科学者たちよりも、圧倒的に優れていたことになる。
 まさしく天才の証明と言えよう。

 結局、今回の「捏造」騒動のすべては、天才・小保方によってもてあそばれた凡人たちのドタバタ騒ぎにすぎなかったわけだ。そのことが判明したと言えるだろう。
 
 あとは、数日後に、再現成功の報告が各地から続々と出るだろうから、それをもって「 STAP細胞は真実である」ということが確定する。
 これで一件は完全に決着が付くことになるだろう。



 [ 付記1 ]
 「まだ再現成功の報告はないぞ」
 と抗弁する人もいるだろうが、その抗弁が有効なのも数日間だけだ。その後は抗弁もできなくなるから、今のうちに頭を下げる容易をしておいた方がいいだろう。

 [ 付記2 ]
 今回の発表に伴って、小保方さん自身が実験の手順を他人に見せていたはずだ。再現性は理研の内部で確認済みだと見ていいだろう。
 確認も取らずに手順だけを公開する、というのはあまりにもずさんだから、ありえない。これまでかなり日数をかけたことからしても、確認を取っているはずだ。
 また、コメント欄には、次の書き込みがあった。
 理研ではすでに、理研内部の今回の件に関与していない専門の研究者数名でチーム編成した特別チームに小保方氏の立ち会いのもとで追試を行っている最中であるという話です。
( → Posted by 研究者 at 2014年02月27日 22:44

 これが嘘だとも思えないから、再現性は理研の内部で確認済みだと見ていいだろう。

 [ 付記3 ]
 今回の実験手順の公開までは、いくらか日数がかかった。手順が判明しているのであれば、どうして日数がかかったのか?
 私の推測を言えば、こうだ。
 「成功する方法ではなくて、失敗する方法を探っていた」

 論文を書くまでは、「成功する手順」だけを探ればよかった。それは常に手元にある。道具も材料も手元にある。
 一方、今回は、「誰もが再現できるようにするため」に、「失敗する手順」も公開する必要があった。それは、手元にはない。なぜなら、過去の膨大な試行錯誤で、捨ててきたものだからだ。その記録は、過去のノートの中にある。そのノートを探り出して、整理する必要がある。
 公表された文書では、STAP細胞を作る際には細胞への刺激の与え方などに特別な注意が必要なことを説明したうえで、オスのマウスの細胞を使うほうが、メスのマウスよりもできやすいことや、培養の際に不純物が含まれていたりすると、できにくくなることなどが書かれています。
( → NHKニュース

 迷路で言えば、これまでは「正解の通路」だけを考えていればよかったが、今回は「間違いの通路」を示して、「こっちは間違いですよ」と記述する必要があった。そのためには過去の記録を丹念に調べ直す必要があった。だから、かなりの日数がかかったのだ。
 私はそう推測する。

 [ 付記4 ]
 私はどう表明するか? 
 「どうせ予想的中だと威張るのだろう」
 と思う人が多いだろうが、いやいや、語る必要のないことは語りません。 (^^);

 私としては、小保方さんに、祝福の言葉を贈りたい。
 「正義は勝つ」
 「勝者には謙虚さを、敗者にはいたわりを」
posted by 管理人 at 19:14 | Comment(21) | 科学トピック このエントリーをはてなブックマークに追加
この記事へのコメント
 [ 付記2 ] を加筆しました。
 タイムスタンプは 下記 ↓
Posted by 管理人 at 2014年03月05日 19:46
  [ 付記3 ] を加筆しました。
 タイムスタンプは 下記 ↓
Posted by 管理人 at 2014年03月05日 20:24
 私としては特に感想を書くようなことはないけれど、本サイトにさんざん出現した捏造論者の人は、この報を受けて、何か書くことがあるんじゃないの?
Posted by 管理人 at 2014年03月05日 20:25
再現出来そうで、良かったですねー。

でも、Natureに示された実験手順と全く同じではなければ、あの論文に記載の手順は嘘だったと言う事になりますかね?
出口はあっちだと嘘を教えられたら、同じようにやっても出口は見つかりっこないとも言えるでしょう(すごく簡単だよ!と言われてしまっていたら)。
真似されたくないと言う保身があったのかもしれませんが、初めから本当の手順をNatureに書けば良かっただけなので、真摯な対応ではなかったと思います。

論文には、サポーティングインフォメーションという実験手順を示す補助書きを載せる部分があり、そこには文字数の制限はありませんので、プロトコルの詳細を書けたはずです。
投稿時に国際特許の優先権主張の期限直前だった事を考えれば、細かい部分は抜きにしてもある程度のプロトコルを作製して、特許に記載した方が基本特許とするには有利だったはず。

このプロトコルを1ヶ月で作れたのに、Natureのリバイスの間に何故できなかったのでしょうか?
また、本当に最初から再現出来るプロトコルがあったのなら、何故1ヶ月も何故かかったのでしょうか?
また、コレスポンディングを取っているのが何故に丹羽先生なのか?
筆頭著者よりもコレスポンディング(この論文の責任者)の方が重要な人になります。
ですので、同じ理研の人なのにもかかわらず、問い合わせ連絡先が小保方氏ではなく、丹羽先生になっているのには理由があるはずです。



以下は、単に私の個人的な意見です。

>換言すれば、小保方さんは世界の一流の科学者たちよりも、圧倒的に優れていたことになる。


iPS細胞でノーベル賞を取った山中先生の所も実際にiPS細胞を見つけたのは生物をやった事のない若手化学者(今は京大の講師)だった気がしますし、多くの教授達の成果はほとんど学生か若いスタッフが見つけたもの。ノーベル賞受賞者の田中耕一さん然り。

小保方氏の場合は、アイデアは先生、実行して成功し、発表した時に独立した研究ユニットのリーダーであったから、自身で発表することができて、一躍時の人になった(見つけたのは本当にすごいことですよね)。

例えば、丹羽先生のラボに入り研究室の一員として出した成果なら、丹羽先生が評価されたでしょうし、論文も初めからもっとまともに作製されて騒ぎを起こすこともなかったかな?と思います(丹羽先生の所ではやらせて貰えなかったかもしれませんが)。
与えられたチャンスを少し棒に振った感じが否めません・・・残念ですね。

また、こういった世紀の大発見という研究のほとんどが本当は学生から生まれています。
科学の世界ではなんら不思議ではありませんし、理研のHPにも毎日新しい成果が報告されています。
このほとんどは20代、30代の若手研究者が見つけた成果です。

科学の世界では、このビギナーズラックを否定する先生は居ません。学生に思ったことをやってみろと言って、それが大発見に繋がりますので、多くの先生方が学生に自由に考えさせて実験をさせます。
まあ、この場合、成果は先生が持って行きますから、今回のようなフィーバーにはなりませんけれども・・・。
今回のケースは、マスコミの取り上げ方が異常だっただけで、小保方氏を取り上げて天才と騒ぐほどの事ではないと思います。

単に科学者あるあるです。
彼女に限った事ではないと言う現実を一般の人にもっと知って頂いて、世紀の発見をした学生や若手研究者にも、大きなスポットを当てて貰えると良いなぁと常々思います。
小保方氏ほどの世界的成果であるかどうかは別として、すごい成果はたくさん学生から生まれています。
Posted by 研究者 at 2014年03月05日 20:29
手順書を見ましたが、とても複雑です。
まさに、天才にしか発見できなかったことでしょう。

管理人さんの洞察力が勝利することを、私は予想していたので・・・私はちょっとスゴイぞ、と独り満足です(笑)。
Posted by ムギ at 2014年03月05日 20:32
> Natureに示された実験手順と全く同じではなければ、あの論文に記載の手順は嘘だったと言う事になりますかね?

 Natureに示された実験手順は分量が大幅に少ない簡易版だったようです。詳細版はあまりにも大量であるようです。(現時点では未公開らしい。)

 再現性のために大切な点は、公開された論文には書かれていないことが多い、とすでに何度も指摘された通り。プロトコルは、プロトコル用の雑誌に掲載されるのでしょう。1カ月後に掲載されるのなら、遅くはない。

 私が前に「掲載を1年も2年も遅らせる査読は好ましくない」と述べたときには、「正確性のためには1年か2年ぐらい遅らせてもいい」と主張した人が多いのに、プロトコルについては「正確性なんかどうでもいいから1日でも早く出せ。1週間も待てない」と主張する人が多い。
 そういうのをダブルスタンダードというんです。
Posted by 管理人 at 2014年03月05日 20:38
> 多くの教授達の成果はほとんど学生か若いスタッフが見つけたもの。

 まるで学生の成果を盗んだような書き方をしていますが、根本的に誤解していますよ。教授が実験の手順を命令してから、具体的な作業を任せることはあるけれど、学生が自力で見つけることなんか、まずありません。
 小保方さんの業績を、ビギナーズラックのように思っているとしたら、根本的な勘違いなので、事実を正しく理解することをお薦めします。
 メガネに色を付けないで見ましょう。

Posted by 管理人 at 2014年03月05日 20:47
管理人、よくがんばりましたね。
項目数が増えたせいで、グーグル・エンジンへの引っかかり悪くなりました。
加えて、リンク数の多い、大手マスコミも登場したりして・・・
残念なことがあります。早く発表せよとの趣旨をマスコミに迫られ、それらに負けたことです。
しかし、理事長を含め皆様、宮仕えの身ですよね。まず、このつらさを理解することから始めます。
なんといったって、小保方博士の無念に勝るものは近年なかろうかと思います。
この大発見(1回目のノーベル賞受賞予定)を前に、2回目のノ−ベル賞受賞予定(同じノーベル賞でも値打ちが落ちる分、K氏やT氏など多数の方が受賞している)のレベルで
末葉突き、呼び捨てまでやった輩が、この世にはいるのです(管理人に代わって申し上げているのではありません)。
Winners take all. ではありませんので、開発者(発見者)に利益を少しでも分けてあげるのがマナーです。
お待ち申しあげる時間こそ、開発者の利益です。一足早く研究を進め、また特許対応を練ることができるのです。
この点は、管理人も賛成するところであります。
年寄ですが、こんな皮肉は初めてです。
Posted by 素人の素人ですが at 2014年03月05日 21:02
公開されたプロトコールには、STAP幹細胞には成熟T細胞に起こる遺伝子再構成がなかったとさらっと記述されているので、分化した細胞が酸によって初期化されたということを示すデータがひとつなくなっちゃいましたね。
初期化なのか、選択なのか論争になりそうです。
Posted by 夜更かしresearcher at 2014年03月05日 21:06
前にも書きましたけど、結果もわからないのに捏造だと騒ぐ研究者の書き込みは、嫉妬しているようにしか見えません。見苦しいことこのうえなかったですね。

批判者は何か言うべき事があると思いますけどね。
Posted by こもの at 2014年03月05日 21:55
今回公開された手順は、IPSやES細胞にはない特徴である万能細胞としての機能を備えたものなのですか?また増殖性のあるSTAP幹細胞の生成についても担保された内容なのでしょうか?
世紀の大発見として発表された当時の価値を備えたものなのか、よく分からず、手放しで喜んで良いのか懐疑を抱えたままの気持ちです。
管理人さんは、今回の手順公開で、STAP細胞の公開当初の価値ある発見としての位置付けを、証明出来たと考えていますか。
その点の不安を払拭出来る解説を頂けると幸いです。
Posted by 読者です。 at 2014年03月05日 22:11
> 証明出来たと考えていますか。

 証明は追試が必要です。あと数日、待つ必要があります。果報は寝て待て。
 ただ、追試はすでに理研ではなされている、と推察しています。

> 世紀の大発見として発表された当時の価値を備えたものなのか

 iPSと同等のもの、という位置づけは与えられないでしょう。作成する元となるのは、細胞分裂した娘細胞に限られるでしょう。(たぶん。)
 それでも、元が何であるかは、あまり関係ない。とにかく万能細胞ができればいい。その意味では、当初の期待は満たされます。

 ただし、最初から言われていたように、実用化はまだまだ先です。臨床への応用ということであれば、iPS にはずっと後れを取っています。

 比喩的に言えば、「まだ使いこなせない強力な道具」みたいなもの。実際にどれほどの価値があるかは、今のところは不明です。
 どちらかと言えば、生命の神秘を探る学術的な意味の方が、ずっと大きい。どうしてこういうことが起こるのか?
 その謎を探りたい、というのが、私がこれまでこだわってきた理由です。価値があるかどうかは、あまり関係ない。謎を解きたがるのが、私の気質です。

Posted by 管理人 at 2014年03月05日 22:29
 今回の手順を見た限りでは、原理はやはり不明であるようだ。論文では「酸性液にひたしたこと」とか、「刺激を与えたこと」とかが原理とされているが、とてもそれだけでは済みそうにない。
 ただ、手順は多数に上っているので、このうちのどこが本質的であるかはわかりにくい。圧力かと思ったが、圧力ではないらしい。いったい何だろう? 
 小保方さんの出した特許はもはや無効も同然だが、かわりに別の誰かが原理を見つけて特許を取るだろうか? しかしその特許の方法は、今回の手順に含まれているとしたら、特許は取れない。
 どうなることやら。

 真実(STAP細胞の作成の核心)を見つけた人には、特許という大きなご褒美を得るチャンスがある、とだけ記しておこう。
 
Posted by 管理人 at 2014年03月05日 22:39
ついこの間まで、管理人さん寄りの意見を持っていた人間です。
でも、今回のプロトコールを読んで愕然としました。
TCRの再構成ないって書いてありますよ?
これ、どう説明します?
これ、認めたらもともとのNatureの論文、矛盾だらけになりますよ?
「え?嘘だったの?」って。
なぜならNature読んだ限り、T細胞由来で、しかもここが味噌という感じで書いてあったから、
「いやはや、もともとあったものをセレクトしたっての、否定されたな〜」
と突っ込みどころをなくしたのですから。
なかなかシークエンスデータを出さなかった理由、論文に怪しいところが多かった理由、すべてが今回のプロトコールでつながった気がしているのです。
しかも、Natureはまだ公開してないですよ。
日本時間の15時だったのでは?
理研のニュースにも遅れているとありました。
私と同じような印象を持った人なら、
「ちょっとまてよ、これ、公開したら
Nature、やばくない?」
ってなるんじゃないですかね。
もしくは公開処刑のつもりで公開するか。。。
途中からObさんよりむしろ管理人さんのことを応援していたので、心から残念ですわ。
Posted by 研究者X at 2014年03月05日 22:52
まるで「コロンブスの卵」ですよね。
絶対に立たせられなかった卵もやり方を教えてもらえば簡単にできる。
初めてやるからすごいのです。
Posted by しろーと at 2014年03月05日 22:56
> TCRの再構成ないって書いてありますよ?

 その件は、下記項目のコメント欄で言及されています。

http://openblog.meblog.biz/article/21294534.html
Posted by 管理人 at 2014年03月05日 23:04
追伸です
捏造論派ではありません。あしからず。
真実が知りたいだけです。

管理人さんに問いたい。

リアレンジメントがみられなかった、という結果です。

今回のプロトコールには嘘はないでしょう。

だとしたら、ObさんのNatureは?
シークエンスのデータも今回のリアレンジメントがみられなかったことを、どうやら支持しているようですよ。(ここは自分で確認した訳ではないけれど)
つまり、
シークエンスデータと今回のプロトコールには矛盾がない。

となると、Natureの幾つかの記述とデータに絶対的な矛盾点が見つかります。

(もう遅いので詳細は省きますが、これに関してはたくさんの人が指摘していますよね)

これ、どう説明するのですか?

まあ、少なくとも大幅書き直しはしてもらわないと。嘘はいけません。嘘は。

しかも、Natureなわけですから、
T細胞由来じゃないなら、
STAP幹細胞ができたとしても、
これってどうでしょう。
Nature級といえるのでしょうか。

まあ、最近海外のサイトでは
「STAPって大したことないんじゃね?」

という噂はとびかってましたけど。

自分のこのモヤモヤ、解決してくれるのは管理人さんだけだと思うのです。

どうかよろしく


Posted by 研究者X at 2014年03月05日 23:22
> Natureの幾つかの記述とデータに絶対的な矛盾点が見つかります。

 Nature の方が間違っていたんでしょう。それで片付く。
 じゃ、何で間違えたか? 測定ミスか? 捏造か? いや、標本の不安定さによる、データのバラツキのせいだ、というのが私の見解です。

 STAP細胞は、娘細胞に由来するんだから、標本の不安定さは不可避です。工業製品を作るような場合とは違って、生物依存で、バラツキが生じます。
 詳しい話は、小保方さんの修正版を見ればわかるでしょう。

 今のところは、すべてを解決するというよりは、次の方針の方が好ましい。
  ・ 安定的な再現性の箇所は? 
  ・ 不安定な再現性の箇所は? 
  ・ それらを説明する原理は?  or 仮説は? 
 こうやって少しずつ解明していくべきです。その途中、不整合や矛盾がいくつか現れるでしょうが、それは新たな課題として、少しずつ解明していけばいい。
 新たな分野が出現したとき、いきなりすべての解決を求めるのは、求めすぎです。物理学の統一理論だって、最初から完成していたわけじゃない。最初はおおまかに分野ができて、そのあとで少しずつ修正されていったんです。最初から全部を解決しよう(矛盾をなくそう)というのは、望みすぎ。
Posted by 管理人 at 2014年03月05日 23:37
 今回の手順公開でわかるのは、「STAP細胞というものは存在する」ということだけです。つまり、論文の主要部分が正しい、ということだけです。

 一方、STAP細胞の性質の解明という点では、まだ真実性は確認されていません。それは今後の追試で明らかになることです。
 ただし、これまでの小保方さんの論文のずさんさからして、あちこちでほころびが見つかりそうです。つまり、細かな点では間違いがいくつか見つかりそうです。
 ただ、それをもって STAP細胞という存在自体が否定されることはないでしょう。「大事な点ではホームランだが、チョンボが多い」というのは、長嶋茂雄に似ている。血液型性格学が役立つかもね。
Posted by 管理人 at 2014年03月05日 23:46
 あとね。実験データを取るとき、都合のいいデータのみを取る、ということは、多くの人がやっている。
  ・ 1回目と2回目は、データが変だから、失敗実験だ。捨てる。
  ・ 3回目はきれいなデータが出たから、実験成功だ。採用。

 こういうふうに、頭のなかで狙っていたデータばかりを取ってしまう、ということは、普通です。
 思い込みによる補正、みたいなもの。
 嘘や捏造とは違って、ありがちです。
Posted by 管理人 at 2014年03月05日 23:55
残念ですが、STAP細胞「捏造」が現実味を帯びてきました。kahoさんのサイトをご覧ください。
kahoさんは、染色体配列から解析した結果、STAP幹細胞だけでなく、STAP細胞にはTCR再構成がないという結果が得られました。そもそも、STAP細胞であるという根拠に、TCR再構成を使用していたわけですから、これは論文の主張と決定的に矛盾します。これで、そもそもSTAP細胞そのものの存在が否定的になってきました。また、こんな矛盾する結果を堂々と出して、生データに公開してなかったわけですから、(後日公開しましたが。)意図的に捏造した可能性まででてきましたよ。

http://slashdot.jp/~kaho/journal/578529
Posted by 通りすがりの化学者 at 2014年03月06日 00:41
コメントを書く
お名前:

メールアドレス:

ホームページアドレス:

コメント: