発表されるとともに大きな話題となった、比較的単純な操作で作成できる多能性細胞「STAP細胞」の研究だが、その論文において、極めてよく似た2枚の画像が使われていることが指摘されていた。別の種類の遺伝子であるにも関わらず似た画像となっていることから、不正行為が行われているのではとの疑惑も出ており、論文を掲載したネイチャーや研究者が所属する理化学研究所などが調査を行う事態に発展していた（朝日新聞）。

論文の共著者である山梨大の若山教授は、「同じマウスで角度が違う写真を２回使ってしまい、一方の削除を忘れた単純ミス」と説明。また、指導したハーバード大学チャールズ・バカンティ教授も「悪意の無いミスのようだ」と説明している。

今回の「疑惑」に関しては、ほかの研究者による追試が難しいということも背景にあるようだ。