佐久市役所に１２日夜、前夜と同じように「ジェット機が飛ぶようなごう音が響いた」などの問い合わせと苦情の電話が相次いだ。市への問い合わせの内容や、信濃毎日新聞社に寄せられた住民の話などを総合すると、音が聞こえたのは午後７時すぎから午後８時半ごろまでで、市への電話は約３０件に上った。１１日夜に問い合わせなどがなかった小諸市、北佐久郡の軽井沢、御代田、立科の３町でも、住民や職員らから「音を聞いた」との情報があった。

　防衛省航空幕僚監部（東京）、陸上自衛隊東部方面総監部（同）、在日米軍司令部（同）は１２日、信濃毎日新聞の取材に、１１日夜にごう音が聞かれたという１１日午後７時すぎの時間帯には、佐久地方で関係する所属機は飛んでいない、と回答した。１２日夜のごう音については、航空幕僚監部が「飛行していない」（広報室）と回答し、他の２機関は「確認中」などとした。