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私はトイレの蓋を閉める派の者である。
それはもともとは母が風水で金運アップのために始めた我が家のルールだったため、トイレの蓋を閉めることが習慣づいた。
気づくと「トイレの蓋を閉めない＝不衛生」であることを感じ、流すときも必ず閉めてから流すようにした。

私がトイレの蓋を閉めてから水を流す理由としては、ざっとこんな感じ。↓

• 臭いが広がるのを防ぐため

• トイレの蓋を上げたまま流すとその勢いでなんだか不衛生なものが空中に舞いそうだから→閉める

• カラオケや居酒屋へ行くと「ノロウイルス予防のため必ずトイレの蓋を閉めてから流してください！」という張り紙が貼ってあるため

• トイレ入って開けたままだと便器の中身を見ると不快に思うから

ざっとこの４点です。
まあ１つ目と４つ目は私個人の問題なので仕方ないとします。
ただ、２つ目と３つ目、これは両方共言ってることは大体同じですよね。

ノロウイルスなんか嘔吐恐怖症の私にとって恐怖の対象でしかありません。ノロにかかるくらいならODします。それくらい恐れています。

「えーなにそれー考えすぎじゃなーい？根拠あんのー？」

とおっしゃる方もやはりいるでしょうからグーグル先生に一生懸命頼ってみました！
以下引用。

医療的に、汚水や菌が飛び散ってよくない
例えば、下痢をした場合、フタを開けたままでいると、下痢を含んだ汚水が飛び散る可能性があります。それが手に飛んだ場合は、手を洗うのでOKですが、問題は他の場所に飛んでしまうケース。現役医大生の朽木誠一郎さんが指摘します。
「トイレで水を流す際に、汚水がはねて自分の腕や顔などにつく可能性があります。その部分を子どもなどが触り、触った手を口にやって、便に含まれていた菌が体内に入ってしまうと、菌に感染してしまう可能性もあります。便によって人から人に感染しやすい、ノロウイルスなどにかかっている場合は、特に要注意です」
自分の菌を、大切な家族などにうつさないためにも、便器のフタを閉めましょう。
使い終わったら便器のフタを閉めねばならぬ3つの理由(WooRis) - エキサイトニュース(1/2)

米インターネットニュースサイトMail Onlineによると、英、リーズ大学のMark Wilcox教授らの調査により、用を足した後に、トイレのふたを閉めないで水を流すと、便の中のノロウイルスなどの微生物が空中に拡散し、細菌感染する可能性が高くなることが判明した。
Mark Wilcox教授らは、用を足した後に、トイレのふたを閉めずに水を流した場合の、微生物の飛距離と滞空時間を測定。結果、トイレの便座の上空25.4cmまで微生物が飛散し、90分間も空中に浮遊していることが判明した。
ふたを閉めずに水を流すことにより、便座だけでなく、床を含むあなたの周辺に細菌が拡散し、嘔吐下痢症といった疾患に感染する可能性がある。また、多くの公共トイレの中には、便器にふたがないものもある。非常に危険だ。
ふたを閉めないでトイレを流すことで病原性細菌感染の恐れ - QLifePro医療ニュース

ほら！ほら！ここまで言えばもうみなさんおわかりでしょう！
自分の家、一人暮らしならべつにトイレの蓋を閉める閉めないはご自由ですが、多くの人が使う飲食店やお店やカラオケなどのようなところにあるトイレでは、やはり閉めるべきだと思うのです。
次の人が気持よく使えるようにしてほしいものです。
とにかく私はノロにかかりたくないんですよ！！

しかも、こちら（洋式トイレを使った後、フタは「閉める」か「開けておく」か対決 調査結果 - @nifty何でも調査団）でのアンケートによると、トイレの蓋を閉める人は多いものの若い層になるほど割合は低くなっているのだそうです。
カラオケであのように張り紙をはっているのも、なるほど納得できます。

ちなみに駅のトイレで嘔吐する人は絶対にトイレの蓋閉めてください。
マジでお願いします。

私は今後外のトイレ使うときは使い捨てマスクしてトイレ入ります。除菌スプレーも全身にふりかけまくろうと思います。
（こうして人は潔癖への道をたどるのでしょう）

追記
TOTOのページ読めよとのコメント頂きましたが、ググれば出てくるページですのでとっくに読んでます！
追記２
もとから蓋がついてないタイプのやつは多分最新テクノロジーを駆使しているはずなので菌が舞わないように流れるのではなく吸い込んでくれているのでしょう、と推測します！もう調べる元気ありません。