nsnaagoさん 今日は！
NO1です。こちらの都合で大変補足が遅れまして済みません。
■Word2007(ワード2007)基本講座：箇条書きと段落番号の自動設定を解除する
http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Word2007/word2007-kajyo_settei.html
概要：箇条書き・段落番号の自動設定を解除する方法
オートコレクトの機能で文頭に記号(■,◆など)や数字を入力すると箇条書きに設定され、Word2007では「◆ 」と記号+スペースをを入力した時に自動的になるようです。（ここまでは前回回答しました）
☆オートコレクトの設定を変更する↓
1.Officeボタンをクリックし、[Wordのオプション]→[文章校正]の[オートコレクトのオプション]を実行しますと[オートコレクト]画面が表示されたら、[入力オートフォーマット]タブを開きます。
2.画面の入力中に自動で書式を設定する欄の「箇条書き(行頭文字)」と「箇条書き(段落番号)」のチェックを外し[OK]ボタンをクリックします。
☆入力時に解除する方法↓
1.オートコレクト オプションボタンをクリックして置き、入力された数字にカーソルを合わせるとメニューが表示され、「元に戻す-箇条書きの自動設定」・「段落番号を自動的に作成しない」・「オートコレクトオプションの設定」のコマンドが表示されるので「・・を作成しない」を選択します。
2.連番が自動入力され無くなります。（この操作は行頭文字と同じ機能で、メニューバーより簡単です）
本題に入ります。
見出しの場合は、改行すると前の書式が引き継がれるので見出し文末にカーソルを置き[CTRL]＋[SPACE]
キー押してから、改行しますと前の文字書式だけがクリアされます。
改行後[CTRL]＋[SHIFT]＋[N]キーで、段落を含む書式がクリアされ[CTRL]＋[Q]キーで段落書式のみクリアされます。
行がずれるのは、インデント／段落のサイトをヒント・参考にして色々試し作成して見て下さい。
OSがXPPROSP2でなければ、MSのサービスが終了しているのでSP3を適用してOffice2007SP2の、Word/Excelを個別にアップグレードした方が良いみたいです。色々のブログでもSP2のWord は漸く使い物になったとの声が多くありました。
初期のWordは、保存に問題が有るようでしたので参考までに。

●Office 2003 Service Pack 3 (SP3)
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?displaylang=ja&FamilyID=e25b7049-3e13-433b-b9d2-5e3c1132f206#Overview
概要：Microsoft? Office 2003 Service Pack 3 (SP3) は、Office 2003 のセキュリティに飛躍的な進化をもたらすもので、攻撃の可能性やその他の脅威に対する Office スイートのセキュリティをさらに強化します。この Service Pack には、Office 2003 の更新プログラムとしてこれまでに個別にリリースされてきた修正も含まれています。
この更新プログラムの詳細については、マイクロソフト サポート技術情報 (923618)「Office 2003 Service Pack 3 (2007 年 9 月 18 日) について」で入手できます。
●Office 2003 Service Pack 3 について
http://support.microsoft.com/kb/923618/ja
概要：マイクロソフトは、Microsoft Office 2003 の Service Pack をリリースしました。 この資料では、この Service Pack の入手方法と、Service Pack で修正される問題の一覧の入手方法について説明しています。 また、Service Pack をインストールしたときに発生する可能性のある問題と、Service Pack がインストールされているかどうかを確認する方法についても説明しています。
注意事項を良く読まれて下さい。

nsnaagoさん 今日は！
NO1です。補足します。インデントが崩れる対策は下記サイトを参考にして下さい。
＞なんとかインデントを崩さずに見出し番号を1から再開させる方法は無いでしょうか。
１：インデントのズレ対策
■Word（ワード）2007のタブとインデント
http://www.hobby-navi.com/layout/tab.html
概要：ルーラーを設定してタブ機能を使う
1.タブとリーダーについて
2.インデントとは？
3.インデントを数値で設定する
以上4つの操作過程を紹介していきます。以下サイトの操作手順を参照して下さい。
■Word2007(ワード2007)基本講座：インデントの使い方
http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Word2007/word2007-indent.html
概要：インデント(余白から文字までの間隔)[ホーム]タブの[段落]グループから設定する↓
この方法で設定できるのは[左インデント]のみです。
他のインデント(ぶら下げインデントや右インデントなど)は以下に書いてあるダイアログやルーラーで設定します。
1.設定する段落内にカーソルを表示します。
2.選択したい段落で3回クリックすると段落が選択できます。（１回クリックで１文字右に移動する）
3.選択したい段落の余白部分をダブルクリックしても段落が選択できます。
[インデントの設定]ボタンを動かしたい数だけクリックします。
4.段落の先頭を選択し、[インデントの設定]を3回実行した例です。段落の先頭位置が3文字分右へ移動しています。（(注) 移動量は標準のフォントの1文字分です）
☆[ページレイアウト]タブの[段落]グループから設定する↓
1.[ページレイアウト]タブの[段落]グループには[左インデント]と[右インデント]のコマンドがあります。
2.使い方は上と同じで、段落内にカーソルを表示した状態か段落を選択した状態で実行します。
なおここでは文字数だけではなく、mm単位での設定も可能見たいです。
☆[段落]ダイアログから設定する↓
1.設定する段落内にカーソルを表示します。
2.選択したい段落で3回クリックすると段落が選択できます。
選択したい段落の余白部分をダブルクリックしても段落が選択できます。
3.[ホーム]タブの[段落]グループのダイアログアクセスランチャーをクリックします。
4.[段落]の画面が表示されたら、[インデントと行間隔]タブの「インデント」の各項目で設定します。
☆ルーラー上で設定する(ちょっとコツがあります)↓
ルーラーにあるインデントマーカーを設定値までドラッグして設定します。
1.1行目のインデント：段落の1行目の位置を決める
2.ぶら下げインデント：段落の2行目以下の位置を決める
3.左インデント：段落全体のインデント位置を決めぶら下げインデント下部の四角部分をインデント幅に合わせて左右にドラッグする
(注)インデントマーカーが思うところに設定できない時？
4.[Alt]キーを押しながらドラッグすると細かく設定ができます。なお、ルーラーの目盛が変わります。
２：見出し番号を1から再開させる方法
■Word2007(ワード2007)基本講座：箇条書きと段落番号の使い方
http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Word2007/word2007-kajyo_tukaikata.html
概要：2行に分けたいのに、各行にマークや番号がつく？
1.強制改行(Shift+Enter)を利用します。
2.文末のマークの違いを見てください
　(強制改行)は[Shift]キーを押しながら[Enter]キーを押します
　(段落マーク)は[Enter]キーのみです。
3.TABでインデントと同じ様な操作をする（ぶら下げインデントを16文字の位置までドラッグして移動したら文章も移動してしまいました）
　リストレベルが6文字の位置に変更されました。
　左揃えタブを16文字の位置までドラッグさせるとタブ位置も変更しました。
■Word2007(ワード2007)基本講座：箇条書きと段落番号の自動設定を解除する
http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Word2007/word2007-kajyo_settei.html
概要：箇条書き・段落番号の自動設定を解除する方法
オートコレクトの機能で文頭に記号(■,◆など)や数字を入力すると箇条書きに設定され、Word2007では「◆ 」と記号+スペースをを入力した時に自動的になるようです。
紙面が一杯ですのでまた補足します。

nsnaagoさん 今日は！
補足有り難う御座いました。しかもこちらの事情で回答が遅れて申し訳御座いません。
目次と早とちりしてしまい、質問と違った回答をして済みませんでした。
既にファイルは保存し、開いたら中見出し3つ目のインデントのみなぜか無くなってしまった訳ですね。
まず１番目はWordを初期化して、立ち上げてみましょう。
■Word2007の初期化　Normal.dotm
http://pasokonsensei.blog99.fc2.com/blog-entry-125.html
概要：新規文書を開いたときに稀に設定がおかしい場合があります。
そんな時は初期化をするといいでしょう。
1.最初から文字が入力されている。
2.オートシェイプに勝手に色がついている。
3.身に覚えがないテーマが設定されている。
4.行間が広い
5.フォントがおかしい
6.その他
そんな時はNormal.dotmを削除すれば治る可能性が高いです。
Normal.dotmは重要なファイルなので隠しファイルになっています。
サイト例は削除する、と為って居ますがNomalOldに変更しますとNomalファイルの再使用が出来ます。
あとは動作確認に従って操作します。（但し今回の問題はこの為とは言えません）
■Word2007のスタイル設定 ‐ 見出しに段落番号を付ける
http://blogs.dion.ne.jp/road_stardust/archives/7312139.html
概要：ユーザインタフェースが変わって、非常に使い難いものになったOffice2007シリーズ。
「使い難くなった」というよりも「使い物にならなくなった」という方が正しい。
注意：ここで書く内容は正解かどうかは知らないし、責任も持てない。この方法で何とか「できた」というだけのものです。
■見出し番号の詳細設定（Word2007）
http://izumimedia.meiji.jp/word2007/2010/05/numbering.html
概要：つづけて、他の小見出しにも[段落番号]を付けましょう。
番号書式設定をした直後であれば、行の冒頭にカーソルを移動してから、（▼ではなく数字側）をクリックすれば、同じ書式の番号を続けて付けることができます。
このサイトが質問に近いのでは？後はスタイルで決めるか？
●ドキュメントのテーマを適用またはカスタマイズする（Office2007）
http://office.microsoft.com/ja-jp/word-help/HA001229924.aspx
概要：判り難いサイトですが、カスタマイズで参考に為れば。

nsnaagoさん 今晩は！
見出しの作成は、Word2007ですごく楽になりました。
■Word2007(ワード2007)実用編：Word2007で目次を作成する：目次
http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Word2007/word2007-mokuji.html
概要：Word2007で目次を作成する：目次↓
1.スタイルの一覧に見出し2～4を表示する
2.見出し1～2を設定する
3.目次を作成する
4.見出し番号を変更する
5.見出し番号を作成/登録する
☆目次を作成する↓
1.自動作成：[参考資料]タブの「目次」グループにある[目次]→[自動作成の目次1]を実行します。
2.目次が自動作成で作成されます。
●目次を作成する（Word2007）
http://office.microsoft.com/ja-jp/word/HP012253721041.aspx
概要：1.目次の項目を登録する 2.目次を作成する 3.目次を削除する
ページ右上の「参照」も参考にして下さい。
■ワードの使い方：ワードで目次・索引を作る（Word2003/2007）
http://allabout.co.jp/gm/gc/1450/
概要：ワードで目次・索引を作るには長いレポートや論文などを作成するときは、目次・索引機能が必須です。Wordには、見出しとページ番号を自動的に抽出して目次を作ったり、索引語句をページ番号とともに抜き出して自動的に索引を作ったりする機能が用意されています。長い文書を作るときは、目次・索引はぜひ活用したい機能です。
■Word2007即効テクニック： 目次を自動作成する
http://pc.nikkeibp.co.jp/article/technique/20090507/1014840/
概要：アウトライン機能などでレベル分けした見出しは、目次項目として抜き出すことができる。もちろん、抜き出す見出しのレベルは指定可能。また、いつでも最新の目次に更新できるため、見出しが変わったり、ページ番号がずれたりした場合でも安心だ。
■Word2007 & excel2007目次を作る（タブの設定）
http://msoffice.sblo.jp/article/19582780.html
概要：word2007には便利（？）な機能があり、目次を自動で作ってくれるのですがそのためには章タイトルにスタイルを割り当てる、などわりと面倒なことも多いのが現実です。
目次ぐらいなら自分で作る！ページ番号だって自分で入れる！と言う人の為の作成法です。

この様に目次の作成の、ヒントになりそうなサイトをご覧下さい。
質問内容とは異なるかも知れませんが、無理に自分の目次でなく作成し易い目次に変えても意味が伝われば良いのでは無いでしょうか？