花(宮浮おい)は国立大学に通う大学生。彼女はある日、教科書も持たずに教室の片隅で熱心に授業を聞いていた男(大沢たかお)と出会い、恋に落ちた。彼と共に暮らす未来を夢見るようになった花は、ある時、彼の思わぬ正体を知ることになる。彼は“おおかみおとこ”だったのだ。そんな彼を花は受け入れ、やがて彼女は雪(大野百花/黒木 華)と雨(加部亜門/西井幸人)という二人の“おおかみこども”を授かった。しかし、突如彼は帰らぬ人に…。
その後、花は一人で子育てをすることになる。感情が高ぶるとおおかみの姿に変わってしまう奔放な姉の雪と、身体が弱く引っ込み思案な弟の雨。都会での子育てに限界を感じ、同時に、2人が人間かおおかみか、どちらの生き方も選べる環境を与えてあげたいと思うようになった花は、人里離れた厳しくも大自然豊かな田舎の中で二人の子供を育てる決意を固める。