2税は、独立行政法人が建設主体となった従来の整備新幹線建設では非課税とされてきた。リニア中央新幹線は民間企業であるJR東海が建設主体だが、「官なら(非課税は)いい、民間ならダメだというのはおかしい」(山田社長)と牽制(けんせい)。自民党内には従来の整備新幹線と同程度の税優遇なら容認すべきだとの意見もある。
同社の想定では、2税の支払額は東京-名古屋間が約180億円、名古屋-大阪間が約140億円で、合計約320億円。税制改正で非課税が実現すればこの分が負担軽減につながる。
ただ、東京、名古屋、大阪の3大都市圏を鉄道輸送としては異次元の速さで直結するリニア中央新幹線は、航空会社などの競争相手には将来、大きな脅威となる。非課税措置で一企業に恩恵が及ぶことに批判が出る可能性もある。