舞台は機功巧魔術（マキナート）が隆盛を極める大英帝国の機巧都市リヴァプール。 日本からやってきた留学生・赤羽雷真は、美しい少女の姿をした自動人形（オートマトン）の夜々とともに、魔術世界の最高学府、ヴァルプルギス王立機巧学院の門をくぐる。

もう一度、あのミットに投げ込みたい‥・・。捕手・御幸一也との出会いが、少年の人生を一変させる。
沢村栄純１５歳。
己の力を試すため、仲間に別れを告げ、野球名門校・青道の扉を叩く。
そこには己のすべてをかけた誇り高き球児達がいた！王道にして斬新。

幼い頃、絶望の淵にいた直枝理樹は４人の少年少女と出会った。
あれから数年、理樹はリトルバスターズのメンバーとして騒がしくも楽しい日々を過ごしている。
こんな時間がずっと続けばいい。それだけを願っていた。

なんらかの理由で最後を遂げた少年・音無は、死後の世界の学校で、ゆりと名乗る少女と出会う。彼女は神に反逆する「死んだ世界戦線」のリーダーで、天使と日夜激戦を繰り広げていた。そして、立ちはだかるは神の使い・天使。それは、可憐なひとりの少女だった。