スペースシャトル「かなた」で火星へと向かった、日本人宇宙飛行士の十文字撃(石垣佑磨)と大熊遠矢(永岡卓也)。しかし「かなた」は遭難し、2人は行方不明となった。そして1年後、2人と幼なじみだった河井衣月(滝裕可里)が勤める宇宙物理学研究開発機構「SARD」が、宇宙犯罪組織マクーの残党に襲われる。衣月を救った宇宙刑事ギャバンの正体は、なんと撃だった。思わぬ再会に喜ぶ衣月。だが、マクーは「SARD」からまんまと、あるデータを盗み出していた。バード星の銀河連邦警察本部へ戻り、コム長官(西沢利明)から叱責を受ける撃と、パートナーのシェリー(森田涼花)。撃はまだ、正式な宇宙刑事ではないのだ。エリーナ秘書官(穂花)は別の宇宙刑事たちを地球へ派遣すると撃に告げるが、故郷の星を守りたいという撃の強い思いを知り、コム長官はもう一度、彼にチャンスを与えることにした。
マクーの残党たちの目的は、初代ギャバンによって倒された首領ドン・ホラーをよみがえらせること。その計画は漆黒の騎士・ブライトンを中心に、着々と進行していく。撃は必死に戦うが、ブライトンに敗れ、衣月も連れ去られた。かつて宇宙空間で親友・遠矢を助けられなかった撃は、今また衣月をも危機にさらしてしまったのだ。
失意に沈む撃の前に現れたのは、マクーを倒した伝説の男・一条寺烈。苦しみと悲しみを乗り越えてマクーに立ち向かった経験を持つ烈は、撃を奮起させる。衣月を救い、マクーの復活を阻止するべく、撃は立ち上がった。だが、マクーの作り出した魔空空間へと引きずり込まれた撃と烈は大ピンチに。ここから抜け出さなければ、全く勝ち目はない。次々と襲い来る敵たちを相手に、2人の勇者が奮闘する。決戦の場はマクーの本拠・魔空城。ブライトンが衣月をさらった理由は、いったい何なのか。ドン・ホラー復活へのカウントダウンの中で、頼もしい仲間・日向快(三浦力)と烏丸舟(岩永洋昭)が駆けつける。蒸着! 赤射! 焼結! 地球を、そして銀河の平和を守るため、ギャバンが、シャリバンが、シャイダーがマクーに挑む。果たして、熾烈な戦いの結末は――!?