私も同じような現象に長らく悩まされ続けましたが、解決しました。
私の場合は、キャッシュでもなく、レジストリでもなく、なんとhostsファイル自身のアクセス権設定にありました。
hostsのプロパティを開いて、「セキュリティ」タブを見てみて下さい。
「使用中のユーザー」「Administrators」「SYSTEM」 の3つしか表示されていませんか?
私はずっと、その状態で正しいと思っていましたが、何故か?「Users」と「Power Users」を追加しないと
Windowsがhostsファイルを読んでくれないようです。(私の環境はWindows Xp sp3です)
色んなWebを見まくりましたが、この点に言及しているサイトは見つかりませんでした。
※同じ質問は結構色々なところで見るのですが...どこもキャッシュやレジストリを確認しても治らず、放置....
私の場合は会社の同僚に教えてもらい、無事治りましたが、その同僚も
「理由はわからない。普通はSYSTEMが入ってればOS側で見れると思うよねー」と言っていました。
この情報がお役に立てば幸いです。