舞台は関西のとある架空の都市。この国の伝統と歴史を色濃く残す街、『夾都市（きょうとし）』。
「生きたい、よ……」
「そうか。ならばその祈り――確かに、聞き届けた」
その言葉と共に、自らを‘神’と名乗った少女は、手にしていた剣で僕の身体を刺し貫いた。
――究極ドSな高天原の女王、天照大神（アマテラス）
――超敏感肌で感じやすい武神、建御雷神（タケミカヅチ）
――天然エロスの露出狂、天鈿女命（アメノウズメ）
この街で、まことしやかに囁かれている‘神’と‘怪異’の目撃談。
その噂の真相を探っていた僕の前に現れたのは、ぶっとんだ性格をした三柱の女神だった。
巻き込まれるようにして――あるいは自ら渦中に飛び込んでというべきか。
戦う力を与えられた僕は彼女らと共に、この街に現れた神々が引き起こす様々な事件を追いかけていくことになる。
神とは、信仰とは、そして――人間とは果たしてなんなのか。
そうして次第に明らかになってゆく、事件の裏側。重ね合わせの真実。
現代において紡がれる、新たな神話解釈と人の祈りの物語。
彼女は高天に祈らない -quantum girlfriend-