ヴォルデモート（レイフ・ファインズ）が「死の秘宝」のひとつ、ニワトコの杖を手に入れてしまった。一方、彼を倒すために必要な「分霊箱」がグリンゴッツ銀行内のベラトリックス（ヘレナ・ボナム＝カーター）の金庫に隠されていると直感したハリー（ダニエル・ラドクリフ）は、元銀行員のグリップフック（ウォーウィック・デイビス）の協力を得てグリンゴッツへ。ハーマイオニー（エマ・ワトソン）がベラトリックスに、ロン（ルパート・グリント）がデスイーターに変装してベラトリックスの金庫に潜入し、そこで「分霊箱」のひとつである「ヘルガ・ハッフルパフのカップ」を手に入れたハリーだが、グリップフックの裏切りに遭い、大ピンチに！
地下に閉じ込められていたドラゴンに乗って、グリンゴッツを脱出したハリーは、残りの「分霊箱」を求めてホグワーツへ。そしてダンブルドア（マイケル・ガンボン）の弟・アバーフォース（キアラン・ハインズ）に助けられて、親友のネビル（マシュー・ルイス）や恋人のジニー（ボニー・ライト）ら“ダンブルドア軍団”の面々と再会を果たした。校長の座に収まったスネイプ（アラン・リックマン）は、突然ホグワーツの大広間に現れたハリーを攻撃しようとするが、マクゴナガル先生（マギー・スミス）らが反撃。スネイプはホグワーツを後にするが、ハリーに「分霊箱」を壊されたことを察知したヴォルデモートが、ホグワーツへの総攻撃を命じる。
ハリーが「分霊箱」を、ロンとハーマイオニーがその破壊方法を見つけようと奔走する中、マクゴナガル先生をはじめとする教師たちもホグワーツを守るために反撃を開始。ハリーはルーナ（イバンナ・リンチ）から「分霊箱」のひとつ＝レイブンクローの髪飾りに関するヒントを得て、伝説の亡霊“灰色のレディ”（ケリー・マクドナルド）に助けを求めることに。一方、ロンとハーマイオニーはバジリスクの牙を使って「ハッフルパフのカップ」の破壊を試みる・・・。
次々と「分霊箱」を破壊され、自分の力が弱まっていくことに焦りを感じるヴォルデモート。しかし、彼らの攻撃はやむことはない。そんな中、ハリーは最後の「分霊箱」の在り処を知り…。遂にハリーとヴォルデモートの直接対決の時がやってきた。魔法界の運命を賭けた雌雄を決する闘いの果てには、どんな運命が待ち受けているのか？