iOSに関しては、下のURLで閲覧できるApp Store Review Guidelineの11.2で"Apps utilizing a system other than the In-App Purchase API (IAP) to purchase content, functionality, or services in an App will be rejected"とあり、アプリケーション内で使用するコンテンツ、機能、サービスの購入でアップルのIn-App Purchase (IAP)以外を使用してはいけないと規定されている点を指摘してらっしゃると思いますが、同じくガイドラインの11.3で"Apps using IAP to purchase physical goods or goods and services used outside of the application will be rejected"と、アプリ内での物販やアプリの外で消費され商品やサービスの購入には、逆にIAPを使用してはいけないと規定されています。

https://developer.apple.com/appstore/resources/approval/guidelines.html

つまり、iOSに関してはAmazonやFrilのような物販アプリは、サードハーティーの外部決済システムの使用がむしろ必須です。

Androidについても、下のURLで閲覧できるGoogle Play デベロッパープログラムポリシーの『有料アプリと無料アプリ』セクションで、アプリ内購入については、『支払いが主に物理的な商品またはサービスに対するものである場合（例: 映画チケットの購入の場合や、出版物の購入で紙の出版物の代金も料金に含まれている場合）』と『支払いがアプリ自体の外で消費できるデジタル コンテンツまたは商品に対するものである場合（例: 他の音楽プレーヤーで再生できる楽曲の購入）』については、例外としてアプリ内課金の使用を免除されています。

http://play.google.com/about/developer-content-policy.html

なので、iOSと同じくサードパーティー製の決済サービスをアプリ内の物販用の課金には利用することができます。

久保君の言う通りです。自分達もリジェクトが心配で最初にポリシーを確認しました。