まったくもって、これじゃご先祖さまも大変ですよね。
仏教では比喩で物事を語ることが多いのですが、昔なら「お坊さんの言うことだから」と疑問を持たずに聞いてくれたかもしれませんが、今ではあなたのように即質問され、やりにくい限りです（笑）。
実際のところ、霊はどこにでも居ると言えますし、どこにも居ないとも言えます。
基本的に霊や魂というものは物体でも気体でもありませんから、そこら中にある＝遍在しているのです。
では、なぜ「お盆にご先祖が帰ってくる」などと言うのでしょう。それは、仏教が日本に渡ってくるずっと前から存在する「日本古来の宗教観」に基づいていると思います。
農村などに住む日本人は、死んだ人の霊は山に帰っていくと考えました。海辺に住む人々は、海の彼方に帰ると思いました。
神社が多く山の麓にあり、奈良の三輪神社の様に山そのものをご神体にしている神社も多くあることからも分かります。
また、青森の恐山や香川県の弥谷寺などもそのような宗教観に基づいて建てられました。
沖縄や熊野地方では、海の彼方にご先祖が神々と共に住む理想郷があるとされました。

日本古来の宗教観では、死んだ人がある一定の時間が経ち清まると、神になってその子孫を守ると考えました。（靖国神社などもそうですね。）
そして、１月と７月の２回、神となったご先祖が家に帰って来るとされました。お正月と中元の行事です。
人々は帰ってきたご先祖と賑やかに食事をして感謝のお祝いしました。

ところが、印度では７月に大事な仏教の行事があるんです。「僧自恣（そうじし）の日」といって、４月１５日から７月１５日の３ヶ月間、お坊さんたちが一ヶ所に留まって修行をする最後の日です。
お釈迦さまは母親が地獄に堕ちているのを知った弟子に、「僧自恣の日にたくさんの修行明けのお坊さんたちを招き、食事を与え奇麗な寝床を用意して接待しなさい。そうすれば、その功徳でお母さんは救われるでしょう」と諭したのです。
これが盂蘭盆（うらぼん）のいわれです。

この仏教行事が日本に入ってきて、７月にご先祖の霊が家に帰って来るという日本古来の信仰と合流して、今のお盆となりました。
そのために、あなたが疑問に思われたような混同が生まれたのです。
ちなみに、お彼岸は日本独自の仏教行事。仏教徒が１週間修行をする期間です。この日にはご先祖が帰って来るという信仰はありません。

霊や魂は遍在（広く行き渡っていて、どこにでも存在していること）しているので、その人のことを思えば、どこにでも現れるのだと私は思います。
たまに聞かれます「霊はお墓と位牌とどちらにいるのですか？」と。位牌は亡き人の依り代。お墓は亡骸の埋め場所。これもどっちにでも居るとしか言いようがありません。
あなたが手を合わせ、その人のことを思って祈る時、霊はあなたの目の前に来る。それが正しいと私は思います。

〈後日談〉このような返事が来ました

此の度は私の稚拙な質問に対して、ご親切、ご丁寧な返信メールを頂き有り難うございました。 此の度の疑問についてはその道の識者にお伺いする他は無く、インターネットを利用して発信させて頂き、重複していなければ全国３３０の御寺へＥメールを差し上げました。数を把握していませんが寺院のＨＰにも記入させて頂きました。
その内の１３０を超える御寺からご返信を頂き、ご協力を有り難く感謝しています。
１２通は何故か宛先不明でした。２００弱の寺院から回答を頂いていませんが、これはＨＰを公開しておられる意味が判りません。
寺院名もハンドルネームも一種の屋号と考えましたので、差し上げた質問メールには私の実名を記さず、ハンドルネームで表わしました。
この件について殊にご不快を煩わした向きが有ったようです。寺院ＨＰの最初のページが玄関とするなら、殆どが寺院名のみでご住職の実名表示が少なく、私もハンドルネーム表示のみとさせて頂きました。ＨＰ上とは云え山門を叩き道を尋ねる者が、住所、氏名、年齢、職業を明かさないのは、人にものを聞く側の者として非常識だとの叱責も受けました。
それにも関わらずその内の大半はご丁寧な返信を頂きましたが、場合によってはいわゆる門前払いも受けました。
この世の物は預かり物で一つとして自分の物はないと聞きましたし、究極はたとえ命と云えど自分のものではないとも聞きました。山門はこれを叩く者の誰彼を問わず大きく開いて受け入れ、道を尋ねる者には道を、飯を求める者には飯を、知恵を求める者には知恵を、惜しみなく分け与えて頂きたく想います。
与える事は与えられる事であり、教える事は教えられる事と聞きます。私は中卒で約１０年の現場作業工員を経験の後、約３０年の電算システム設計構築の業務を経験しましたので、大半の生活を論理思考の中に浸って来ました。しかし、定年を待たず一昨年の早期退職募集で辞職しました。
新しき酒は新しき皮袋に入れるの喩もあり、日進月歩の科学理論に基づく新しいシステム作りは新鮮な若者に委託するのが最適と考えた結果です。
お尋ねした疑問の端緒は茨城の物理学者が命は質量を持ったエネルギィであるとの実証談を、ＮＨＫラジオ放送でお聞きした事が発端です。
これはこれまで曖昧であった命即ち霊というものが、肉体から離れて存在することを物理的に証明した一例です。
何ｋｇもの荷物を持ち運ぶエネルギィを持つ人が亡くなり、その持てる潜在エネルギィはどこへ行くのかという疑問も未だ残ります。しかし、それらの疑問が解けなくても、生きている者の生活を妨げたり、命を危うくする直接原因にはなりません。ところが、世界には稀に宗教教義をどのように理解したのか、教祖や宗名、その大義名分によって他を排し人を殺めた時期があり、古今東西を問わず発生した犯罪の事実があります。ご教授頂いた返信メールを一つ一つ読ませて頂きました。精霊や成仏の有無について率直に判らないと仰る方、教義との不一致や矛盾を認めていると仰る方、有無の証が無ければ有ると仰る方、有ると言えば有り無いと言えば無いと仰る方、仏教伝承伝来経過によって元の教義から離れて変遷したと仰る方、論点を外して述べられる方などに概ねお考えが分かれました。有無の証が無ければ無しと仰る方は少数でした。仏教はおろか宗教に疎い私のような者とは違い、僧職の専門家でもこれほどに結論が異なるのは意外でしたが、一面ではその程度に曖昧でも良いことに安堵感もあります。しかしこれは、霊や仏の供養行事が方便に使われていないかという危惧を導きます。私自身は特定の宗教を支持も肯定もしませんし、他人が信仰を寄せている物が何で有れ否定もしません。故に私は自身で模索し実践して極めた倫理（神：判断基準）で生きています。ただ、亡父母の位牌、墓所、仏壇、法事を見る時、宗派によって、あるいは導師によっては、有るものを無しとし、無いものを有るとして読経を聞くとき、これほど無意味で虚しい事はありません。この虚しさは亡父母の霊の有無を問うのではなく読経される御僧職の心中や如何にと察するからです。頂いた返信のお話に依れば釈迦牟尼は霊の（有無）について決断してはいないそうです。とすると問題は霊の有無に留まらないことになります。仏教は釈迦牟尼が決断していない思想のままで伝承されるべきで、後世の者が釈迦牟尼に成り代り補足したり新たに決断を下してはならないと想います。釈迦牟尼思想が唯一の仏教思想の根源として真理なら本来の説に立ち返るべきと想います。霊は物故者を想う者の心に帰りまた宿るとの説にはこの理由で納得し難い所があります。他説の、霊ではなく仏に成ると言われる説にもその理由で納得し難い所があります。明確に有るものは有りとし、明確に無いものは無しとして、更に未定のものは未定のままで論を展開しなければ矛盾が生じます。宗教教義の本来は現世を自身がどの様に生きるか、を指導するものと想います。故に遠い祖先を想って、どのような家系で生まれて来たとか、死後に精霊や成仏になるか成らないかではなく、更に子々孫々の心に宿る事ではないと想います。ご返信を頂いた中のあるご住職がご指摘のように、仏法の本来の姿から離れて経済的理由から霊や仏を実在と仮定する必要性がある、との説にはあからさまな現実を正直に語っておられると想いました。時折しも、除霊能力有りとして著名を馳せた住職が逮捕されました。これに似た例は数限りなくあるようです。これらはすべて釈迦牟尼の思想を真理としてそのまま伝承して来なかった故が原因ではないでしょうか。釈迦牟尼の思想に従うのなら個人の倫理感や思想で曲解することなく、釈迦牟尼の思想を純粋に唯一無二の真理として受け入れ、統一された思想による布教が必須と考えます。真理とは時を経て不変です。実在したとされる釈迦牟尼の思想が唯一真理なら伝承者によって唯一思想が歪められて多宗派に分かれたのは釈迦牟尼の真意ここに在らず、は言い過ぎでしょうか。固有名詞の神や仏やいわゆる救い主が居られたとすれば、地球有史以来の人類に遍くその機会に恵まれなかった者へ、機会均等の不公平をどのように説明するかという新たな疑問が湧きます。救い主とはそのように人に不公平な存在でしょうか。故に私は従来の知り得る既存宗教思想から離れ、生きる上での判断基準を自身で設定しました。若し私の判断基準に誤りがあればその都度の反省で改める積りでいます。自立とは自身で考え行動する事と想います。自身で考えられない者は、他人の考えを参考にする他は在りません。他人の考えを選択しこれを信用するか、信頼するかは判断の分かれる所です。判断基準の何をどのように選択しても、結果は選択者自身の責任です。結果が及ぼす影響が選択者自身のみに留まらない場合は、無責任な判断で周囲を不仕合わせに巻き込んではなりません。その意味で選択の結果責任は重大であろうと想います。
此の度は私の稚拙な質問を契機に多くのご住職方の深いご親切を受け、改めて私自身を反省する機会となりました事を感謝しています。有り難うございました。

こういうのを「迷惑メール」と言うのじゃないのでしょうか。皆さんはどう思われます。