人類はアラガミと呼ばれる、生命体があらられたことにより絶滅の危機に瀕していた。
人類はそれに対抗するため製薬会社フェンリルが生物兵器【神機】を作り出した。
そして神機を使いアラガミを喰らうもの【ゴッドイーター】を組織した。
ついにフェンリル極東支部初の新型神機【第二世代神機】使いがやってきた。