【暗黒戦闘士＆オリジナル編】第1話～22話
聖闘士になるため、ギリシアの聖域（サンクチュアリ）で厳しい修行をしていた星矢は、天馬星座（ペガサス）の聖衣（クロス）を手に入れた。故郷である日本に帰国した星矢を待っていたのは、グラード財団が企画した銀河戦争（ギャラクシアンウォーズ）と呼ばれる聖闘士同士の戦いだった。聖闘士の頂点に位置する黄金聖衣（ゴールドクロス）をめぐって、戦うことになった10人の聖闘士たち。星矢は幼いころを共に育った紫龍や氷河や瞬たち仲間と戦うことになるのだった。
銀河戦争の最中、突如、乱入してきた暗黒聖闘士。その暗黒聖闘士を率いて現れたのは、アンドロメダ瞬の兄、鳳凰星座（フェニックス）の青銅聖闘士（ブロンズセイント）である一輝だった。一輝は黄金聖衣を奪取、暗黒聖闘士と共にグラードコロッセオから逃走した。星矢たちはこれを追撃、黄金聖衣のパーツの一部を取り返すことに成功する。そこで一輝は、暗黒聖闘士の本拠地デスクィーン島から暗黒四天王を呼び寄せ、星矢たちに黄金聖衣を賭けた戦いを挑んだ。この挑戦を受け、星矢、紫龍、氷河、瞬は、一輝に指定された決戦の場へと赴く。
【白銀聖闘士編】第23話～35話
聖域の頂点に立つ教皇アーレスは、星矢たち青銅聖闘士抹殺のため、次々と刺客を送るがことごとく失敗に終わる。アーレスは格上である白銀聖闘士（シルバーセイント）を日本に送った。白銀聖闘士の実力の前に苦戦する星矢だったが、師匠である魔鈴の助けもあってどうにか危機を乗り越える。その魔鈴から、星矢はアテナを守れとメッセージを受けた。その意味が理解できなかった星矢たちだったが、城戸家の令嬢だと思われていた沙織こそ、13年前に生まれた女神アテナの化身だというのだ。赤子だった沙織を亡き者にしようと、アーレスが抹殺を計画したが、そのことに気づいた射手座（サジタリアス）のアイオロスによって救出され、グラード財団先代総帥である城戸光政に託されたのだと言う。
【黄金聖闘士編】第36話～73話
青銅聖闘士抹殺のため、ついにアーレスは聖闘士の最高位である黄金聖闘士（ゴールドセイント）の派遣に踏み切った。星矢たちの前に黄金聖闘士、獅子座レオのアイオリアや、蟹座キャンサーのデスマスクが姿を現す。アーレスとの決着をつけねばならないと思った沙織は、星矢たちと共に聖域へと向かった。しかし、到着した沙織は黄金の矢によって倒れてしまう。沙織を救う方法は、12時間以内に黄金聖闘士が守る十二宮を突破して、教皇の間にいるアーレスを連れてくることだけだと言う。星矢、紫龍、氷河、瞬は88の星座の頂点に立つという黄金聖闘士を突破して教皇の間にたどり着けるのか？