日本人の少年、主人公「星矢」は、現代の世にクロスを手に入れてセイントとなるべくはるばるギリシャに渡り、その修行に励んでいた。 己の肉体のみを武器とするセイントになるには、人間の限界を超えた力、自己の肉体に内存するエネルギー“小宇宙”のパワーを駆使しなければ成らない。そして何年にも亘る厳しい修行の末、星矢は遂にクロスを得る事が出来た。舞台は198×年・日本、星矢を含め世界各地から十人のセイントがアジア最大のグラード財団の「銀河戦争」参加の為に集結しようとしていた。 セイントの頂点に立つ「黄金聖衣」。それを得た者がセイントの支配者となるのだ。星矢はゴールド・クロスをめぐるこの戦いに自らを投じていくのであった。

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