沖縄県・尖閣諸島沖で２０１０年９月、海上保安庁巡視船に中国漁船が衝突した事件をめぐり、公務執行妨害で逮捕した中国人船長の釈放に向け、菅内閣（当時、以下同）が法務・検察当局と水面下で調整していたことが明らかになった。官房長官だった仙谷由人元衆院議員が時事通信のインタビューで証言した。当時の政権幹部が政治的な働き掛けを明言したのは初めて。
事件は１０年９月７日に発生し、海保は翌８日に船長を逮捕。その後、那覇地検は「国民への影響や今後の日中関係も考慮」したとして、処分保留で釈放し、船長は中国に帰国した。菅直人首相は「（釈放は）検察独自の判断」と強調し、柳田稔法相らも検察への指揮権発動を否定したが、政治的な意向が作用したのではないかとの見方が根強かった。
仙谷氏はインタビューで、衝突事件と同時期に大阪地検特捜部の証拠改ざん事件が発覚し、「法務事務次官と私が会う時間が大変長くなった」と指摘した。その上で、「次官に対し、言葉としてはこういう言い方はしていないが、政治的・外交的問題もあるので自主的に検察庁内部で（船長の）身柄を釈放することをやってもらいたい、というようなことを僕から言っている」と語った。
仙谷氏は、法務・検察当局からの要請を受け、釈放決定に先立ち外務省幹部を那覇地検に派遣したとも説明。こうした背景には、横浜市でのアジア太平洋経済協力会議（ＡＰＥＣ）首脳会議を１０年１１月に控え、「中国が来ないとどうするのか。これは菅氏も大変焦りだした。『解決を急いでくれ』というような話だった」と、菅氏の指示があったことを証言した。
また、船長釈放後に民主党の細野豪志氏が訪中し、中国外交を統括していた戴秉国国務委員と会談したことに関し、仙谷氏は訪中が自身の指示だったことを認めた。インタビューは今月１９日に東京都内で行われた。