「エンディア」に住む１２歳の少女「エルザ・イェーガー」は、自らの体質にコンプレックスを抱きながらも平和に暮らしていた。
しかし、再び出現した巨人によって、父親は捕食され、母親も戦死してしまう。
「駆逐してやる！この世から……一匹残らず！」
エルザは復讐を誓う。そう、かつての先祖エレン・イェーガーのように。
15歳になったエルザは、親友の「アレクシス・アルレルト」と共に、人類連合直属の対巨人戦闘部隊「ＦＤＦ」の訓練兵に志願する。
しかし、再び出現した巨人によって、父親は捕食され、母親も戦死してしまう。
「駆逐してやる！この世から……一匹残らず！」
エルザは復讐を誓う。そう、かつての先祖エレン・イェーガーのように。
15歳になったエルザは、親友の「アレクシス・アルレルト」と共に、人類連合直属の対巨人戦闘部隊「ＦＤＦ」の訓練兵に志願する。
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