０４年　８月　山陽新幹線などのトンネルや橋の検査記録を改ざんする虚偽記載などが発覚。ＪＲ西日本に定期検査の管理体制改善や法令順守の徹底を命令

０６年１１月　銚子電鉄（千葉県）で、列車が通過中に踏切の遮断機が上がり始めたり、線路の枕木の腐食などが相次いで見つかり、修繕の早期実施などを命令

０８年　２月　長崎県南島原市の踏切事故で、故障した踏切の制御装置を約１年間修理していなかった上、装置を遮断する改造などをしていたため、島原鉄道に改善を命令

１１年　６月　７９人が負傷したＪＲ石勝線の特急脱線炎上事故で、異常時の避難誘導マニュアルが複数あったため、整合性が取れるように見直すことなどをＪＲ北海道に命令