国民年金基金制度では、掛金を積み立て、それを財源として将来、給付を行うという積立方式により財政運営することとされています。このことから、基金や連合会では、将来にわたり確実に給付が行えるよう、毎年度、すべての加入員・受給者等の将来給付のために必要な原資として保有すべき額、すなわち責任準備金を算定し、これと現有積立金を比較して必要な原資が保有されているかどうかを検証しています。平成23年度の運用利回りはプラス2.5%程度であり、同年度末における責任準備金に対する積立不足割合は35%程度となっています。なお、年金財政の安定化を図るため、連合会では財政調整事業や年金財政安定事業も行っており、平成23年度末では年金経理の積立金とは別に192億円の積立金を保有しています。

ただし、積立金運用の毎年度の実績は市場動向に大きく影響を受け短期的には年度により変化をするものである一方で、年金制度は中長期的に運営していくものであることから、積立金運用も中長期的な運用方針を定め、これを堅持していくことが、必要な収益を確保する最善の方法であると考えています。連合会では、少なくとも5年毎に実施される財政再計算の際に、積立金運用の中長期的な運用方針を見直しています。