大型の台風１８号は１６日午前８時前、愛知県豊橋市付近に上陸し、関東甲信から東北を縦断して太平洋に抜けた。午前１０時ごろに県南部を通過し、県内は南、東部を中心に各地で激しい雨となった。下伊那郡阿智村浪合では、午前９時１９分までの１時間降水量が７３・５ミリと観測史上最大を記録。河川の増水で、村内にある工場周囲の地面がえぐられ、従業員１５人が一時孤立した。ＪＲ飯田線は複数箇所で土砂崩れがあり寸断された。国道２５４号三才山トンネルの上田市側出入り口付近では土砂が流出。下水内郡栄村の中条川上流では土石流が発生し、建物に被害が出ているほか、下流域の２０世帯５４人に避難指示が出された。鉄道の運転見合わせや、高速道を含む道路の通行止めも相次ぎ、交通網もまひした。

　県危機管理部の午後９時現在のまとめによると、阿智村の工場から救助された従業員のうち４人が、避難中に手を切ったり気分が悪いと訴えたりして救急搬送された。いずれも軽症という。

　栄村の中条川上流では午後２時半ごろから複数回、土砂が崩れ、下流にある村森林組合事務所に土砂などが流入し、１階部分の一部が損壊した。村によると、現場は２０１１年の県北部地震で土砂崩落があった場所。村は雨で地盤が緩み、震災時にたまった土砂が流れ出したとみている。

　長野地方気象台によると、１５日午前０時の降り始めから１６日午後４時までの総降水量は、阿智村浪合で２９３ミリ、飯田市南信濃２１６・５ミリなど。白樺湖で３時間降水量が７７・０ミリと観測史上最大を記録した。

　河川の増水や土砂崩れの恐れなどで、南佐久郡南牧村は一時、大芝地区の４１世帯１３６人に避難を指示。飯田市上村南信濃地域の１０２１世帯２１９６人、小県郡青木村の浦野川流域の５０世帯１２０人など、計１２０５世帯に一時、避難勧告が出された。

　建物被害は、上田市や飯田市などで計１６棟が床上浸水、計５１棟が床下浸水。諏訪郡富士見町、上伊那郡南箕輪村、長野市と駒ケ根市で、風でトタン屋根がめくれるなどの一部損壊が計６棟あった。

　中部電力長野支店によると、県内では１６日午前０時すぎから飯田市や長野市など各地で停電が発生し、同日午後９時までに延べ２万５２１０戸が停電。同日午後１１時現在約２５０戸が停電している。

　交通網も混乱し、ＪＲ東日本によると、突風で架線設備の一部が線路内に散乱した影響などで、長野新幹線は一時運転を見合わせ、上下計１０本に最大で５９分の遅れが出た。中央東線と篠ノ井線、小海線は、雨量が規制値を超えるなどしたため全区間で一時運転を見合わせた。飯山線は一部区間で終日運転を見合わせ、信越線は長野―黒姫、妙高高原駅間で終日折り返し運転をした。しなの鉄道は軽井沢―小諸駅間で一時運転を見合わせた。県営松本空港（松本市）の発着便は欠航した。

　高速道では、県内の中央道や長野道、上信越道、中部横断道の一部が一時通行止めになった。中部横断道佐久南―佐久中佐都の上下線は午後１１時現在も通行止めが続いている。