馬淵チームは５月１１日付で作った「地下水汚染防止対策報告書」で「地下水が汚染水と混ざれば（建屋真下を通る地下水流が汚染水を洗い流し）早ければ半年で海に到達する可能性がある」と警告。海への直接の流出を防ぐため、すでに検討されていた海側の遮水壁に加え、建屋の四方を粘土の壁で囲う陸側遮水壁の設置を提言した。検討過程で、粘土式より施工期間が短く、初期費用が安い凍土式も俎上（そじょう）にのぼった。しかし、土を凍らせて壁にする凍土式の大規模な施工例は海外にもない。効果に疑問があるとして、候補から消えた。

　当時、放射性物質による海洋汚染が判明し、漁業は県全域で自粛を余儀なくされていた。馬淵氏は６月１１日、福島第１原発に入り、粘土遮水壁の配置計画を固め、１４日に記者発表する段取りだった。だが、１１年３月期に１兆２０００億円を超える最終赤字を出した東電は遮水壁の建設負担を恐れた。政府に文書で「１０００億円規模のさらなる債務計上となれば、市場から債務超過の方向と評価される可能性が大きい。ぜひ回避したい」と伝え、再考を迫った。