pukiwikiの運用について質問です。#commentを、認証したユーザだけが使えるようにする方法はありますか。

残念ながら回答拒否されています。
他にも多くの人が回答できないので、回答が集まらないのではないでしょうか。

自動回答拒否で「一人以上」に設定していませんか？　自動回答拒否「利用する」を解除してみて下さい。
解除方法は下記を見て下さい。
http://q.hatena.ne.jp/help/mypage_config

ベストアンサーが多い人の名前を回答拒否に入れている悪質ユーザーがいて（運営妨害してますね）、そのときに自動的に回答拒否されるみたいです。

だわかき＞　ベストアンサーが多い人の名前を回答拒否に入れている悪質ユーザーがいて（運営妨害してますね）、
だわかき＞　そのときに自動的に回答拒否されるみたいです。

とも限らないようで、
悪質回答で多数の質問者に嫌われて回答拒否されている場合もあります。
直接その回答者の回答履歴を見てから判断ですね。
http://q.hatena.ne.jp/ユーザーID/answerlistで
簡単に見られます。
その回答一覧で、質問者さんの得意分野での回答内容をいくつか見ていけば
回答拒否解除したほうが良いかの回答者かどうかのユーザー像かが判断できると思います。

今回のだわかきさんの場合
http://q.hatena.ne.jp/dawakaki/answerlist
で見られます。
コメントの「だわがき」の部分をクリックして「回答履歴」をクリックしても良いです。

今回の方にはあたりませんが
回答数が少なく、その内容もいい加減な回答ばかりしているようなユーザーからの
回答拒否解除の申し入れは、聞き流した方が良いですね
ユーザーIDをとっかえひっかえしているポイント目的の回答者かも知れませんから。