マリンランドの歴史と共に生涯を歩み、飼育下世界一長寿のハナゴンドウとして愛された「ヨン」でしたが、平成15年10月6日永遠の眠りにつきました。飼育下のハナゴンドウとして長寿世界一を更新しつづけたハナゴンドウの「ヨン」。マイペ−スな性格が長寿の秘訣だったのかもしれません。

これをもって完全に閉鎖となる。

マリンランド入り口へのお客様の安全な通路を確保し、今までどおりイルカ達やハナゴンドウの「ヨン」、「みなぞう」にお会いいただけることになりました。
また、これを記念して「みなぞう」のパフォーマンスやイルカの解説を実施しました。

新水族館建設工事のため、イルカショー、フィナーレ

2002年（平成14年）7月15日（月）午前8時20分、世界で初めての快挙となる飼育下4世のバンドウイルカが誕生しました。父親は日本初の飼育下3世バンドウイルカ、マリンランド生まれの「パル」（1988年8月3日誕生）で、3世イルカとして世界で初めての父親となりました。母親はバンドウイルカの「シリアス」（1996年10月21日、伊豆富戸より搬入）。
公募にて愛称を募集し『MARIN』（マリン）と命名。

新水族館建設工事のため、海の動物園を閉鎖

江の島水族館公式ホームページをスタート

神奈川県から新水族館構想が提示されたことがきっかけとなり当館主催による「水族館シンポジウム」を開催。500名の参加者募集に対し、世界各国より600名の方が参加されました。
このシンポジウムのテーマは21世紀にふさわしい水族館の役割でありましたが、特に湘南海岸の新たな多面的な利用が計画されている中で、人と海との交流、地球環境保全の役割など、その直面する課題は幅広いものでした。また、パネルディスカッションでは、様々な論議がなされましたが相模湾を取り巻く陸・海域を含めた調査研究の発展、地域との融合という点に大きな課題が与えられ、相模湾とそれに続く太平洋の生態系を発表し、展示してゆかなくてはならないという決意が固まる結果となりました。

大吉亡き後、17年ぶりに雄のミナミゾウアザラシ「みなぞう」が南米のウルグアイよりやってきました。平成5年の10月頃に誕生したと思われる幼獣で、搬入時は体長2ｍ、体重約176.5ｋｇ。「みなぞう」という名前は1500名の公募により決定され、クリクリした可愛らしい大きな目がひときわ印象的ですぐに人気者となりました。

平成6年3月30日に、モントレー・ベイ水族館より到着した「シーネットル」のポリプ（体長10ｃｍ）及びエフィラ幼生（直径約3ｃｍ）が順調に育成され、傘の直径が約20ｃｍにまで成長したため日本で初めて展示を公開しました。

開館40周年の節目にふさわしく、「なぎさの輝き」をテーマにしたデザインで、おだやかなブルーと暖かみのあるグリーンを基調とした、江の島海岸の渚をイメージさせる外装が完成。　同時にミュージアムショップ「湘南倶楽部」もオープンし、新外装とともに江の島水族館の魅力がさらに増すこととなりました。