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館内には、さまざまな標本や剥製(ハクセイ)、骨格標本が展示されています。マッコウクジラの骨格標本は全長10m、沖縄県金武町沖で捕獲されたホホジロザメの剥製(ハクセイ)は5.6mあります。
ジンベエザメは世界の暖かい海に生息するサメで、生長すると13~14mに達する世界最大の魚類です。体は大きいのですが、性質はおとなしく、人を襲うことはありません。
小さなプランクトンや小魚を水と一緒に吸い込んで、鰓板(サイバン)と呼ばれる器官で、海水だけを外へ押し出して食べます。水族館ではオキアミやキビナゴ等を与えて飼育しています。
沖縄の方言ではミズサバと呼ばれ、その名のとおり肉質が水っぽく、食用には向かないとされています。
ジュゴンは海牛目に属し、一生を海で過ごす草食性の哺乳類です。
インド・太平洋地域の熱帯や亜熱帯の浅い海に分布しており、南西諸島は分布の北限です。現在はとても数が減っており、国の天然記念物に指定されています。世界的に見ても生息数が減っており、絶滅が危惧されている種として保護の対象になっています。成長すると体長3m、体重400kgに達し、寿命は50年くらいと言われています。
また、人魚のモデルになった動物としても有名で、ジュゴンの生息地では多くの人魚伝説が語られています。
タマカイは、ハタの仲間で最も大きな種で、全長3m、体重400kgになるといわれています。タマカイは、南日本を含む太平洋からインド洋に生息しています。海では主にエビやカニを食べていますが、時には、小さなサメやトビエイ、ウミガメの子供なども食べるといわれています。
この標本は旧水族館で約1年間飼育された個体です。沖縄美ら海水族館では、この標本と同じくらいのタマカイを飼育しています。
記録された最大全長は6.4mで、7~8mになると推定されています。大きな三角形の歯があり、大動物襲撃能力は全動物中マッコウクジラやシャチに次ぎ、人への襲撃記録もワースト1で最大危険種です。尾びれの上下葉の長さに差が少なく三日月型で、成体は胴が太くずんぐりしています。
この標本は沖縄県金武町の定置網で昭和60年2月に捕獲されたメスで、全長555cm、体重1,970kgです。これは世界でも長さで4番目、重さで5番目の超大物です。全世界の温・熱帯海域に広く生息しています。