ファイルを開くのが遅い。ただし、プログラムから開くと早い

＞確かにLANケーブルをはずすと改善されました

と言うことなので、HKEY_CLASSES_ROOT\Applications　の配下にある何らかのアプリケーションが外部を参照していると思われます。

大変面倒な作業だとは思いますが一つ一つ確認するしかありません。

また、確認中に既に削除（アンインストール）されたアプリケーションなあったらそれも削除します。

調べたところ、フリーフエアなどでレジストリに登録しないでインストールできるタイプのものをインストールしているPCで
且つネットワークに接続されている状態でそれを使用した後ネットワークから切り離すと確実に発生するようです。

Acrobatは9.1.3の方が起動も速いし快適に使えますのでアップデートをお勧めします。（9.1はバグあります）

データーのショートカットやデータファイルをダブルクリックで起動した場合は対応したアプリケーションを起動しその後データファイルを読み込みます
一方、予め対応したアプリケーション起動しておきメニューより開く場合はデータファイルを読み込みだけで済みます。

1）アプリケーションを起動　+　データファイルの読み込み
2）データファイルの読み込み

また、データファイルが置かれいるハードディスクが省電力設定などでモーターが停止していればモーターのスピンアップに５秒～１０秒くらいの時間が必要になります

関連付けられているアプリケーションがリモートにあることになっているのではないでしょうか？

レジストリを確認・変更するので以下の作業は「自己責任」で行ってください。

レジストリエディタを開き
Excelの場合
HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\EXCEL.EXE\Shell\Open\command
の右ペインにあるを参照している（規定）レジストリキーがお使いのPCのExcel.exe　をさしているかどうか確認してください。

例えば
"C:\Program Files\Microsoft Office\OFFICE11\EXCEL.EXE" /e

のようになっていますか？
ここのパスがネットワーク上のほかのPCなどを指しているとご指摘の症状になります。

尚直し方は正しいパスを指定するだけですが上記の書き込みの意味が分らないならば
大変危険なのでレジストリについて少し勉強してか羅にしてください。