Microsoft サポートオンラインの操作説明にある「再作成」は、その名の通り、再作成です。
レジストリエディタの左側ペインのレジストリツリーの中から、
"HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\Shell\"キーを選択し、
右クリック⇒[新規(N)]⇒[キー]をクリックすると、上記のキー下に[新しいキー #1]が作られ、名前を変更出来る状態になっていますから、キーの名前を"BagMRU"に変更します。さらにもう一度、同じように新しいキーを作成して、キーの名前を"Bags"に変更します。

レジストリのバックアップは、キーごとに個々に取るなら、レジストリツリーの中から目的のキーを選択し、[ファイル(F)]⇒[エクスポート(E)]で任意の場所にファイルとして書き出します。詳しくは、
『Microsoft サポートオンライン：上級ユーザー向けの Windows レジストリ情報』
http://support.microsoft.com/kb/256986/ja

>全てのフォルダに対して、設定を反映させようとしたんですが
>全く反映しないんです

こちらに関しては、Windowsのフォルダの表示設定の方法は、XP以降かなり複雑になっていまして、1度開いた個々のフォルダの表示設定は下記のキーに保存されています。
"HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\ShellNoRoam\BagMRU\x"キー
（"x"は0以上の数字で、それぞれ開いたフォルダのフルパス等が難解な形式で記載されています。この"x"の下にさらに数字キーがたくさんあることもあります。）
"HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\ShellNoRoam\Bags\xxxx"キー
（"xxxx"は1～5000（通常設定時）、上記の"BagMRU"キー下に設定されている各フォルダのウィンドウサイズや表示形式がこのキー下に保存されています。）

一方、初めて開くフォルダに適用される表示設定は、
"HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Streams\Defaults"キーの
{F3364BA0-65B9-11CE-A9BA-00AA004AE837}　　REG_BINARY　　1c 00 00 00 04 00 00 00 00・・・・・
("{F3364BA0-65B9-11CE-A9BA-00AA004AE837}"はShell File System FolderのCLSID）
に保存されています。（上記の"04"の部分は、「詳細」表示選択時の値、"01"でアイコン、"05"で縮小版、"07"で写真等）
私はVistaを使用していないので操作方法がまったく同じかどうか分かりませんが、[フォルダオプション]⇒[表示]タブ⇒[全フォルダをリセット]をクリックすると、
"HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Streams\Defaults"キーに設定されているデスクトップやマイコンピュータ、マイドキュメント等の特殊フォルダの表示設定がすべて消えます。ここに設定されている値は、元々設定されていない値なので、消えてもどうということはありませんし、各特殊フォルダを開いて[すべてのフォルダに適用]をクリックすれば、その設定がそれぞれ対応するCLSIDの値として設定されます。

{00021400-0000-0000-C000-000000000046}　　デスクトップ
{20D04FE0-3AEA-1069-A2D8-08002B30309D}　　マイ コンピュータ
{208D2C60-3AEA-1069-A2D7-08002B30309D}　　マイ ネットワーク等

"マイ ドキュメント"のCLSIDは、"{450D8FBA-AD25-11D0-98A8-0800361B1103}"なんですが、マイドキュメントを開いて、[すべてのフォルダに適用]をクリックしても、この値は設定されず、上記の
"{F3364BA0-65B9-11CE-A9BA-00AA004AE837}"が設定されます。

一度、マイドキュメントを開いて詳細表示の表示項目を選択後、[フォルダオプション]⇒[表示]タブ⇒[全フォルダをリセット]後、[すべてのフォルダに適用]をクリックして、
"HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Streams\Defaults"キー下に
{F3364BA0-65B9-11CE-A9BA-00AA004AE837}　　REG_BINARY　　1c 00 00 00 04 00 00 00 00・・・・・
という値が作成されるかどうか、確認してみてください。