> プロジェクト共有のメモリなので紛失した張本人は不明ですが、管理者が友人でした。

という事は、
・USBメモリはパスワードでロックするようなものでない。
・施錠できる保管場所に保管していない。
・管理台帳に氏名や日時を記入して持ち出し、返却する管理がなされていない。
・紛失時に速やかに報告するよう、教育などがなされていない。

などの措置を会社がしっかり行っていなかった事が原因の半分。
友人の責任としては、会社にそういう事を請求していなかったという点になるかと。

> 会社での処分はどうなるのでしょうか。

会社にこういう場合の規定があるのなら、そりらに従って措置。
規定が無いのなら、そもそもそういう事を想定していない会社の責任が大です。
管理者に任命するに当たり、業務内容について十分な説明があったか？なんて点も重要です。

そういう状況なら、始末書とか程度までかと。
反省すべき点は反省し、再発防止の措置をどうするか？が重要になります。