ずっとわからなかったけれど、本日やっと透明テキストの削除方法を見つけたので、その方法を記録しておきます。Windows版、Adobe Acrobat 9 Standardの場合です。
（１）「文章の検査」をする
メニューから「文章」＞「文章の検査」を選んで、「文章の検査」をする。
（２）「文章の検査」の結果が出るのを待つ
「ページを検査中」と出るのでしばらく待つ。
「結果：」として、「メタデータ」や「非表示テキスト」などといった項目が出てくる。
文章の検査を終えるまで、やや時間がかかる。
（３）「非表示テキスト」を選んで削除する
「結果：」に表示されている「非表示テキスト」を選んで、一番下に出ている「削除」ボタンを押す。
注意書きが出るので、問題なければ「OK」ボタンを押す。
（４）削除が完了するのを待つ
「ページから選択した項目を削除中」という表示が出て、「メタデータ」や「非表示テキスト」という項目の削除が開始される。
削除も検査と同じくらい時間がかかる。
しばらくすると、透明テキスト（非表示テキスト）の削除が完了する。
もっと簡単な方法があれば教えてください。