「この世の果てで恋を唄う少女ＹＵ−ＮＯ」は、主人公が行方不明（死亡？）の父親からリフレクターという次元間移動装置をたくされるところから始まります。

その「リフレクター」には宝玉をはめ込む８個（セガサターンでは１０個）の穴が空いていて、スタート時にはたしか２個（セガサターンでは４個）の宝玉がはまっています。

だからのこり６個の宝玉を集めなければ本来の力を発揮できない為、それを集めることが「現世編」の目的となります。

全て集めると異世界へ行けるようになるのですが、その「集めること」がやっかいで、並列世界を旅しながら集めないといけません。

その為に物語の分岐点で「仮セーブ」をしなければならないのですが、その「仮セーブをする道具」が「宝玉」のもうひとつの働きであるわけです。
（セーブで使用すればリフレクターからははずされますが、最終的に全て回収して異世界へ行くことになります）

ゲームをすすめていく上で話がいきづまったりした時や、マップを作り上げていく過程で「仮セーブ」している地点に何度か戻らなければならないことがあります。
ここでの注意点は、「仮セーブしてあるところまで一度戻ったら、そこで使用した宝玉は回収されてしまうこと」と、「宝玉が手元になくなるとマップが開けなくなるので一つは残しておくこと」です。
また再度そこへ来たいという場合は、戻ったらそのつど、宝玉による「仮セーブ」をくりかえす必要があります。

ゲームを進めていくうえで大切なことは「マップを作成しながら各エンディングをめざし、そして分岐点に戻り、別のエンディングをめざす」ことであり、その過程で全ての宝玉を収集していくことになります。
その分岐点に戻る時に使用するのが「仮セーブに使用した宝玉」であるわけです。
（この「分岐点」がきたら、リフレクターが点滅をしはじめるのでわかります）

話をすすめてマップを作成するために必要なことは「アイテム収集」であり、異世界へ旅立つために必要なことが「宝玉収集」であるわけです。