私も同じ現象です。
iPhone4S（64GB)をiOS6にバージョンアップして、DR-BT150NCを使っています。
曲のデータは96bps（ストレージ消費を抑えるため。）
曲を再生すると数分で音が途切れ、POWERボタンを1回押すとちょろっと音が鳴り、2回目の押しで間があってから再生が再開します。
トラックの移動（送り）をすると突っかかったように音がなり、次の曲の再生がはじまります。つっかかり音が数秒流れますが、それがなければ普通の動作に思えます。
DR-BT150NCの登録はiOS5.1.1でおこないiOS6へのアップデートへ引き継いでいました。Bluetoothの登録を再登録しても他の方と同じように結果はおなじでした。（再生した曲は同じです。）
イコライザーをオフにしてみましたが変わりません（改善されません）でした。（音の再生に処理がはいらなければと期待しましたが。。。）
車のカーナビがBluetooth対応でiPhone4Sを接続するとカーオーディオから音楽を再生できたのでためしてみると、音の途切れは同じ曲でありませんでした。接続するBluetooth端末によって症状が異なるかもしれません。
iPhone4についても同じようにDR-BT150NCで確認してみたのですが、結果は同じでした。（カーナビへの接続は確認していません。）
iPhone4Sのストレージの空き容量が8GBぐらいしかなく、使わないアプリや写真データの整理で、空き容量を27.6GBまで増やすと挙動が変わるかと思い再度試してみました。再生の音の途切れ方が自動復帰するようになりました。数秒突っかかったようにとまったあと再生が自動復旧します。メモリ（ストレージ）の状況（空き容量によっても状況が異なるかもです。消されたアプリの影響もあるかもです。
ストレージの空き容量を増やす前のカーナビでの確認では音の途切れがなかったので、Bluetooth端末の影響が大きいと思われます。
曲によっても挙動が異なります。アルバムが異なると、音が数秒早送りのように再生されます。
曲の再生で気になったことは以上です。
iOS6になってダメなことばかりではなく、iOS5.1.1でアプリが安定して動作していなかったのが治ったものもあります。
基本的には安定度が高まったように感じています。
どちらにせよ、動作が不安定なのは使っていて違和感があるので、まだ知らない不具合も含めてiOSのアップデートが公開されるのを待ちたいと思います。