以前、同じ質問に対して「出来ない」と回答したことがありますが、その後調べた結果、別のユーザーアカウントでインスタンスを実行することで実現できることが分かったので、それを以下に記します。
1. 新しいユーザーアカウントを作成する。既に別のユーザーアカウントがあればそれでもOK（Administrator や Guest でもOK）。
2. PowerPoint のアイコン（またはプログラム）をポイントし、Shift キーを押しながらマウスの右ボタンをクリックする。
3. [別のユーザーとして実行] コマンドをクリックする。
4. プログラムを実行するユーザーとして、別のユーザーを選択し、[OK] をクリックする。
これで、2つめのインスタンスが起動されます。