ブラック・ボックスを手にしたニキータとマイケル、その回収を急ぐディヴィジョンとオーバーサイト。これまでディヴィジョンが手を染めてきた悪事の情報、ひいては政府の不正の証拠が詰まったブラック・ボックスを巡り、また新たな闘いが幕を開けようとしていた。　ニキータとマイケルは、ディヴィジョンが手がけてきた秘密の作戦の真相を1件ずつ暴くことで、世界を少しずつ正していく決意をする。そんな2人が最初に選んだのは、”ゲーム・チェンジ作戦”だ。2004年、テロリストが大量の資金を強奪する事件が起きたが、実はテロリストの正体はディヴィジョンだった。捜査にあたったトニー・メリックはその証拠を掴むが、ディヴィジョンはトニーに罪を着せて彼を投獄し、以来ディヴィジョンの悪事は闇に葬られてきたのだ。　ニキータとマイケルはこの”ゲーム・チェンジ作戦”の真相を暴き、無実のトニーを救うため、さっそく軍刑務所に潜入するが…。そんなニキータを阻止するためにディヴィジョンが用意した秘密兵器は、なんとアレックスだった！失脚したパーシーに代わってディヴィジョンのトップに君臨するアマンダはアレックスと取引きし、彼女の復讐を手伝う代わりにニキータの追跡を命じたのだった。　トニーの疑いを晴らしディヴィジョンの悪事を暴こうとするニキータ。そんなニキータをアレックスが追う。そして遂に、かつては同志として共に闘ってきたアレックスとニキータが直接対決する瞬間が訪れる…！