>何処が違うのか分かりません。

PCIとPCI-Expressは名前は似ていますがそれ以外は別物です。PCIは昔からある汎用の増設スロットでデータ転送速度は最大で133MB/sです。PCI-ExpressはPCIの後継規格で、x1は汎用スロット、x8・x16はグラフィックボードと物理演算ボード用でデータ転送速度はx1が500MB/s、x8が4GB/s(4000MB/s)、x16が8GB/s(8000MB/s)です。取り付けるスロットの形状自体が異なるのでPCI-ExpressのカードはPCIスロットに取り付けることは不可能、当然逆も不可能です。

最近のPCでビデオカードを接続するならPCI-Express×16スロットを使用します。
（ちょっと前まではAGPが中心でした）

PCI-ExpressはPCIの後継の規格で、汎用のPCI-Express×1とビデオ用のPCI-Express×16があります。
PCI-ExpressはPCIと名がつきますが、従来のPCIとは形状が違うので、互換性がありません。PCI接続のビデオカードをPCI-Express×16に刺そうにも、形状が違うので接続できません。