これまでのストーリー

『ヒットラーの復活』で帝国軍と連邦国が熾烈な戦いを繰り広げたあの出来事から10年が経った。ファシズムを信奉する帝国軍と、その兵器“アルバトロス”を打ち破った後、“ラッド”ことネイサン・スペンサーは新世代の“バイオニック・コマンドー”の訓練を任される。そしてTASC長官の“スーパージョー”ことジョセフ・ギブソンの指揮の下、バイオニック兵はアメリカ連邦国（FSA）における主要兵器としての地位を築いた。しかしこの新技術は万民に受け入れられたわけではなかった。バイオニック技術が新たな軍備競争の第一歩となることを恐れる者たちもいれば、超人的な力を持つバイオニック兵たちのいる世界で、無防備な人間が弱者となることを恐れる者たちもいたのだ。

一部の市民たちはバイオニック技術の禁止を声高に叫び始めた。彼らはデモを起こし、やがてそれは暴動へと変わる。水面下で緊張が高まっていたその時、TASCを脱したバイオニック兵の一団が、連邦国に対する暴動を支援したとして検挙された。この事件をきっかけに大統領命令による調査が行われる。そして帝国軍との戦争で活躍した者たちの像が建ち並ぶ“英雄通り”に自らの像が飾られるほど連邦国に大きな貢献をしたTASCの諜報員スペンサーが、なんと事件に関与したという罪を着せられてしまう。スペンサーはただちに逮捕された末にバイオニック・アームも奪われ、有罪判決を言い渡される。無実を主張するスペンサーだったが、必死の訴えも空しく、軍事裁判では国家反逆罪で死刑判決を受けてしまうのだった。

しかし政府の真意は、スペンサーの処刑を皮切りにバイオニック技術を撲滅することだった。後に“バイオニック・パージ”と呼ばれることになるバイオニック技術の一掃命令が出され、技術開発の禁止のみならず、バイオニック・パーツを身につけた者も誰彼かまわず犯罪者となった。政府に仕えていたはずの兵士たちは、突如としてバイオニックの移植組織を政府に返還することを余儀なくされたが、一部のバイオニック兵にとって、それは口で言うほど生やさしいことではなかった。移植組織を失うことで、歩けなくなる者、目が見えなくなる者が大勢いたのだ。任務中に重傷を負った兵士たちにとって、バイオニックの移植組織の有無は生きるか死ぬかの問題だったのだ。

バイオニック技術によって得た力を失いたくない大勢のバイオニック兵たちは、密かに逃亡するが、なんとそこには彼らに手を差し伸べる組織が待っていた。それはバイオニック技術を手に入れることを望み、兵器アルバトロスを破壊されたことで連邦国を恨んでいた組織。帝国軍の生き残りだった。帝国軍はスペンサーと連邦国の力で壊滅的な打撃を受けたものの、彼らの理念は息絶えてはいなかった。そして彼らが“マスターD”と呼んでいたマスターDNAプログラムも、やはり秘密裏に進められていたのだ。マスターDNAプログラムとは、帝国軍の者たちが“君主”と呼ぶ、はるか昔に死んだ独裁者をよみがえらせる計画だ。TASCから逃亡した諜報員たちと手を組み、彼らはアメリカ連邦国を倒す陰謀を企てる。彼らは爆弾を仕掛け、小規模な政府の標的に攻撃を仕掛けながら、着実にその力を増大させていった。そしてついに“バイオレイン”と名乗るバイオニック復活運動組織が誕生することになった。

バイオニック・パージ後5年間にわたって小規模なテロ攻撃を次々に行う中で、凄まじい破壊力を持つ“ウィザラー爆弾”を手に入れたバイオレインは、連邦国最大の街、 アセンション・シティでその実験用の大量破壊兵器を起爆させた。ウィザラー爆弾によって巨大な地震が引き起こされ、街は廃墟と化した。その混乱に乗じてバイオレインは街に攻め入り占領し、防空システムを掌握。バイオレインに完全に街を乗っ取られ、敵の狙いもわからないまま、陸空軍による攻撃にも失敗した連邦国には、もはや打つ手が無かった。

そんな中、スーパージョーは残された最後のチャンスに気づく。そう、スペンサーだ。自分を英雄にしてくれたバイオニック・アームを奪われ、死刑囚の監房で処刑を待つ失意のスペンサー。だが再びその腕を装着すれば、今廃墟と化した街の中へ潜入できるのは彼しかいない。かつて帝国と闘い、壊滅させたことのある唯一の男。もはやスペンサーに失うものは何も無かった。