アンノウンに襲撃される某研究施設。無数のアンノウンが、施設の子供たちを、そして警護の自衛隊員たちを殺戮していく。
急行したＧ３−Ｘが到着したときには、すでに施設は灰燼と化した後だった。
かつてない大規模なアンノウンの襲撃は、何を意味するのか。この施設は何なのか？
だが、その問いに答える生存者は誰もいない。
そして３ヶ月後、流行を始めた携帯サイト「ＥＳＰクイズ」が呼び水となり、ふたたびアンノウンの群れは蠢動を始めた。
関東一円に“不可能犯罪”が頻発する。
アンノウンに襲われる真魚たちを守るため、アギトが、そしてＧ３−Ｘが戦う。しかし、敵は多数。
そこへ、上空から飛来した黒い影───Ｇ４システムが、圧倒的なパワーでアンノウンを掃討していく。
Ｇ４システム───それは、かつて警視庁の小沢澄子が設計しながら、あえて封印していた理想の兵装。
そして、この世に存在してはならないシステム。
“Ｇ４計画”を推進する陸上自衛隊の深海理沙。それが自らに死をもたらすと分かっていながら、死を背負って戦う装着員の水城史朗。
理沙の計画がゴールに至ったとき、Ｇ４システムは予知能力者とリンクし、敵の攻撃を事前に予知することができるようになる。敵の攻撃を受ける前に、すでに反撃を開始するのだ。時間をも超越したＧ４システムは、究極の兵器として完成する。
そのために、理沙が目をつけた超能力者。その名は……風谷真魚。
Ｇ４計画をめぐって、翔一が、氷川誠が、涼が、真魚が走る。
「人を越えた人」をめぐる物語は、どこへ向かうのか？