市販品では、VisioやJUDEが有名（またはExcelなどと組み合わせて使用したりもします。）ですが、フリーとなると困難になります。
そこで、作業的には手間がかかりますが下記のようなアイデアプロセッサ（もちろん、フリーです）ツールで代用するというのはいかがでしょうか？
http://www.vector.co.jp/soft/win95/writing/se093192.html?y
アイデア発想支援 IdeaCard(Windows95/98/Me / 文書作成)
http://www.vector.co.jp/soft/win95/writing/se266743.html?y
ISOP-KJ法(Windows95/98/Me / 文書作成)
ありがとうございます。
実はできればVisioより良いものがないかと思い質問しています．．．
3つ目はフリーではないみたいですね。