ティムール（1336〜1405）の血を引く父とチンギス・ハーン（1167〜1227）の血を引く母を持つバーブル（1483〜1530）は、１１歳で父の後を継いで以来各地を転戦しながらもティムール帝国再興を目指し、ウズベク族のシャイバーン朝に支配された中央アジア進出を目指していた。１５１０年にメルヴ近郊でシャイバーン軍がサファヴィー朝ペルシア軍に大敗を喫しムハンマド・シャイバーニー（1451〜1510）が戦死すると、バーブルはサファヴィー朝のシャー・イスマイール１世（1487〜1524）からの援軍を受けて、翌１５１１年、サマルカンドを占領した。

　しかし、バーブル軍４万〜５万はペルシアから派遣された遊牧部族キジルバシが主力でバーブル自身の直属部隊が少数であったため脆弱で、１５１２年のグジュドゥヴァーンの戦いで態勢を立て直したシャイバーン軍３０００に敗れ、サマルカンドを奪い返されてしまう。さらに、１５１４年のチャルディラーンの戦いでサファヴィー朝ペルシアがオスマン帝国に大敗を喫したため、イスマイール１世からの支援を期待出来なくなったバーブルはこれ以後、中央アジア進出を諦めてインド征服を目指すことになる。

　この頃インドでは、デリーを支配するアフガン人のローディー朝を筆頭に、グジュラート王朝、ハルジー朝、バフマニー王国、フセイン・シャー王朝の５つのイスラム王朝と、メワール王国とヴィジャヤナガル王国の２つのヒンドゥー王朝が乱立していた。ローディー朝のスルタン・イブラーヒームは権力の専制化を推進するために貴族に対する過酷な弾圧を行ったため、パンジャブ総督のダウラト・ハーンとイブラーヒームの叔父のアーラム・ハーンは反乱を起こし、カーブルに居たバーブルの許に使者を送り援軍を求めた。

　１５２４年、バーブルはインド遠征を行い、ラホールとディーパールプルを占領した。しかし、バーブルの目的がインド征服であることに気付いたダウラト・ハーンは、バーブル軍がカーブルに帰還するとイブラーヒームの許へ寝返ってしまう。そのため、翌１５２５年１１月にバーブルは再びカーブルを出発し、長男のフマーユーン（1508〜56）がバダフシャーンから率いて来た軍勢と合流して前回の遠征よりも増強された１万２０００の軍勢を率いてインダス川を渡った。

　１５２６年４月１２日、デリー北方約１００キロのパーニーパットの平原に進軍したバーブル軍は、イブラーヒーム率いるローディー軍と対峙した。ローディー朝から寝返った兵を加え２万５０００強となったバーブル軍と、戦象１０００頭を含む１０万のローディー軍は約１週間にわたって睨み合いを続けたが、ついに２１日早朝、バーブルの挑発にのったイブラーヒームが攻勢をかけた。これに対してバーブルは、２台づつを皮紐で繋いだ約７００台の荷車の背後に配備された砲兵と小銃隊によってローディー軍の隊列を崩すと、両翼から騎兵部隊を繰り出して敵を包囲させた。正午頃まで続いた戦闘によってローディー軍はイブラーヒームを含む１万５０００の死者を残して潰走し、勝利したバーブル軍はデリーとアーグラを占領して莫大なローディー朝の財宝を手に入れた。

　残されたイブラーヒームの弟マフムード・ローディーを中心とするアフガン貴族達は、ラージプート族のメワール国王ラーナー・サンガと手を組み、西方からバーブルの支配地域を脅かした。しかし、バーブルは２万〜２万５０００の軍勢を率いて、１５２７年３月１６日にハーヌアーの戦いで騎兵８万、戦象５００頭からなるラーナー・サンガ軍１０万をパーニーパットの戦いと同様の戦術を用いて撃破し、翌年にはラーナー・サンガ臣下のメディニー・ラーイの守るチャンデリーの城砦を攻略した。救援に向かったラーナー・サンガは家臣によって暗殺され、隙を突いてデリーとアーグラを襲撃しようとしたアフガン軍も撃退されてしまう。

　１５２９年、バーブルはビハールとベンガルでマフムード・ローディー率いるアフガン軍に勝利し、ヒンドゥスターン（北インドのガンジス平原）の支配を確立した。バーブルの築いた帝国はモンゴルのアラビア語訛りであるムガルの名称で呼ばれることになる。

　１５３０年１２月２６日、アーグラでバーブルが４８歳の生涯を終えると、４日後の１２月３０日に嫡男で２３歳のフマーユーンが新たなムガル帝国の皇帝に即位した。しかし、フマーユーンは継承した領土を３人の弟に対して、アスカリーにはサンバルを、ヒンダールにはメワールを、カームラーンにはパンジャブとカーブルとカンダハールを、それぞれ分割して与えたためにムガル帝国は弱体化する。さらに、カームラーンは与えられた領土だけでは満足せずにラホールとムルターンへ進軍して占領したが、フマーユーンは兄弟間の争いを避けるためにこれを承認した。

　アフガン人小貴族出身のシェール・ハーン・スール（1472〜1545）は、南ビハールの支配者ビハール・ハーン・ローハーニーの許で為政者としての才覚を発揮して頭角を表し、主人の死後はその領土を支配者となった。１５３２年、フマーユーンはシェール・ハーンの居城チュナールを４ヶ月に渡って包囲したが、グジャラート王朝のバハードゥル・シャーが急速に勢力を拡大して南からムガル帝国に脅威を与えたため、フマーユーンに忠誠を誓うことを条件にシェール・ハーンの城の所有を認め撤退した。

　１５３５年、フマーユーン率いるムガル軍は、バハードゥル・シャーの支配するマールワーに侵攻した。バハードゥル・シャーがムガル軍との戦いを避けて退却するとフマーユーンは後を追ってグジャラートも占領し、バハードゥル・シャーはポルトガル人の援助を求めてさらにディブへと逃れた。しかし、フマーユーンは新たに獲得したマールワーとグジャラートの統治を経験の乏しい弟のアスカリーに託したため、バハードゥル・シャーが態勢を立て直すとこの２つの領土は失われてしまった。

　フマーユーンがアーグラを離れている間に、シェール・ハーンはバハードゥル・シャーからの支援を受けて戦象１２００頭を含む軍勢を動員し、ベンガルに侵攻して首都ガウルを占領した。ベンガル王ヌスラット・シャーからの助力要請を受けたフマーユーンはベンガルへと進軍するが、弟のヒンダールがアーグラで反乱を起こしたために孤立してしまう。１５３９年６月２６日、ベナーレス近郊のチャウサでムガル軍はシェール・ハーンの軍勢に大敗を喫し、フマーユーンは水運搬人の助けを借りて辛うじて戦場から逃れたものの約７０００人のムガル軍兵士が戦死した。この会戦で勝利したシェール・ハーンは、１５３９年１２月にガウルで王位に就いてシェール・シャーを称し、スール朝を樹立した。

　アーグラに逃げ帰ったフマーユーンはヒンダールを許し態勢を立て直そうとするが、１５４０年５月１７日のカウナジの戦いで再びシェール・シャーの軍勢に敗れてしまう。フマーユーンは３人の弟にスール朝に対する共闘を呼び掛けたが、彼等は耳を貸そうとはせずにそれぞれの支配地域へと帰っていった。アーグラを撤退したフマーユーンはサファヴィー朝のシャー・タフマースプ（1514〜1576）の庇護を求めペルシアへと亡命した。

　シャー・タフマースプから提示された、シーア派に改宗すること、シーア派をインドの国教とすること、カンダハールをペルシアに引き渡すことの３つの条件を受け入れて１万４０００の軍勢を借り受けたフマーユーンは、１５４５年９月にアスカリーの支配するカンダハールを攻略し、さらに北進して１１月にはカームラーンの支配するカーブルを占領した。アスカリーは降伏してメッカへと追放され、ヒンダールは戦死した。カームラーンは逃走し、その後カーブル奪還を試みたもののフマーユーンに捕らえられ目を潰されたうえでメッカへと追放された。

　一方、１５４０年６月１５日にアーグラに入城したシェール・シャーは、短期間に行政機構、軍制、税制、通貨、司法の改革や、交通、通信の整備などを行い、ベンガルからインダス川におよぶ一大王国を築き上げた。マールワーを征服したシェール・シャーは、１５４４年にはサメールの戦いでマールデーオ率いるラージプート軍を敗りほとんど全ラージャスターンを支配下に収めたが、翌１５４５年、カーリンジャル城を攻撃中に火薬事故で死亡してしまう。

　シェール・シャーの後を継いで即位した次男のイスラーム・シャーが１５５４年１１月に若死すると、その後継者を巡ってスール朝は混乱する。イスラーム・シャーの１２歳の息子ヒールーズが玉座に就いたもののわずか２日後に暗殺されてしまい、スール朝は分裂して周辺の属州は次々と独立ていった。

　インド奪還の時期を窺っていたフマーユーンはスール朝の弱体化を知ると、１５５４年１１月にカーブルを発ってインダス川を渡り、翌年２月にはさしたる抵抗も受けずにラホールを占領した。デリーを支配するスール朝の王位僭称者の一人シカンダル・シャーは、シルヒンドで行われた２度の会戦でムガル軍に敗れて逃走し、１５５５年７月２３日、フマーユーンはデリーに入城して再びムガル帝国の玉座に就いた。