内閣府原子力委員会が原発推進側だけで「勉強会」と称する秘密会議を開いていた問題で、司会役だった内閣府原子力政策担当室の職員（当時）が、パソコンから大半の関連メールを削除していたことが関係者の話で分かった。内閣府が設置した検証チームなどが２回にわたり関連資料の提出を要請した後に実行しており、意図的な隠滅の疑いがある。事態を重視した検証チームは、内閣府のサーバーからメールを復元する作業に乗り出した。

　この元職員は山口嘉温（よしはる）・上席政策調査員（当時）。秘密会議問題発覚後の事務局（原子力政策担当室）態勢見直しに伴い、６月末に内閣府を退職して７月１日付で出向元の「日本原子力発電」に戻った。

　最初に資料提出を求めたのは、原子力政策担当室の中村雅人参事官。６月上旬、同室職員に対し、自主的にパソコンを調べ関連するメールを発見次第提出するよう指示した。

　２回目は後藤斎（ひとし）・副内閣相をトップとする検証チームが要請。６月１４日、秘密会議に出席していた近藤駿介・原子力委員長や原子力委員４人▽原子力政策担当室▽経済産業省・資源エネルギー庁▽文部科学省▽電力会社の各職員らにメールを含む全関連資料の提出を求め、秘密会議の実態解明を進めている。

　関係者によると、このうち原子力政策担当室は職員が保存していた関連メール約１０００本を印刷し、ファイル約１０冊にとじ込んで検証チームに提出した。秘密会議で中核的な役割を果たしていた山口氏が、秘密会議出席者との間でやり取りしたメールがほとんど含まれていなかったため、検証チームがヒアリングで追及したところ、山口氏は「消去した」と答えた。検証チームは業者に依頼し２４時間態勢でメールの復元作業を進めている。