善玉菌(ここではビフィズス菌)は、糖などを分解して、腸内で乳酸とさらに殺菌力の強い酢酸をつくります。これによって、腸内を酸性にし、悪玉菌が増殖するのを抑制したり、体外から侵入してきた病原菌の増殖を阻止して感染を防ぐ働きをしています。
同じように病原菌に汚染されたものを食べても、激しい食中毒症状が出る人、軽い下痢程度で済む人がいます。腸内でビフィズス菌がニラミをきかせているかどうかによって症状が異なると考えられます。このほかにも善玉菌は、腸の蠕動運動を活発にして、排便を促し便秘や下痢を防ぐ整腸作用や発ガン物質の分解、ビタミンの生成など腸内で健康をサポートしてくれるのです。

炎症を起こす物質や発ガン物質や発ガン促進性物質を作る有害な菌。ウェルシュ菌や黄色ブドウ球菌がその代表格。

食が欧米化することによって、日本人も肉をたくさん食べるようになりました。動物性脂肪を多く含む肉類を多く摂取すると悪玉菌が増えます。悪玉菌が増殖した環境では、腸の蠕動運動が低下し、スムーズな排便ができなくなります。さらに、肉に含まれるたんぱく質、脂肪、コレステロールが、悪玉菌によって発ガン物質や発ガン促進物質に変換され、発ガンリスクが高まります。このような状態が続くと便秘、アレルギー、大腸がんなど様々なリスクが高まることになります。

腸内菌叢のバランスを左右するものとして、年齢、ストレス、食べ物などがあります。しかしながら、だれでも歳をとりますし、ある程度のストレスは覚悟しなくてはなりません。そこで、重要なポイントとなってくるのは食べ物です。ビフィズス菌を補給したり、ビフィズス菌が好きな食べ物を十分にとって腸内のビフィズス菌を増やすようにすることで、年齢やストレスといった避けられないマイナス要因を補うことができるのです。

善玉菌の代表格であるビフィズス菌は、糖の仲間が大好きですが、糖にも色々な種類があり分子の大きさによって次の四種類に分けられます。

種類	特長	具体物
単糖類	いちばん分子が小さい	ブドウ糖、ガラクトース、果糖など
二糖類	単糖類が2つ結合している糖類	蔗糖（砂糖）、乳糖、麦芽糖など
オリゴ糖	単糖類が3〜6つ結合した糖類	フラクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、大豆オリゴ糖などのオリゴ糖
多糖類	多数の単糖類が結合した糖類	デンプン、グリコーゲン、食物繊維など

単糖類や二糖類は、小腸で吸収されてしまうため、ビフィズス菌のすみかとなる大腸まで届きません。一方で、我々が吸収しにくいオリゴ糖や多糖類は、大腸まで分解、吸収されずに届くため、ビフィズス菌を増やす働きが強い糖であると考えられます。食物繊維を多くとっていると腸がキレイになりビフィズス菌も増えます。