バッチファイルを使ってコマンドを実行する場合、コマンドプロンプトの画面が表示されます。
ユーザによるコマンドの強制終了を避ける場合には、画面を非表示にする等の対処が必要になります。
(コマンドプロンプトの画面を閉じると、コマンドは強制的に終了されます)

画面を非表示にするには、VBScriptを利用します。
以下、サンプルです。
《バッチファイル》
1.メモ帳を開く。
2.以下を入力する。
  START notepad.exe

3.保存する。
 ファイル名 : not.bat
 ファイルの種類 : すべてのファイル(*.*)

《VBScript》
1.メモ帳を開く。
2.以下を入力する。
  Set WSHShell = CreateObject("WScript.Shell")
WSHShell.Run "cmd.exe /c note.bat", 7

3.保存する。
 ファイル名 : hide.vbs
 ファイルの種類 : すべてのファイル(*.*)

バッチファイルとVBScriptは同じフォルダに保管して下さい。
異なるフォルダに保存する場合には、VBScriptを以下のように修正する必要があります。

  Set WSHShell = CreateObject("WScript.Shell")
WSHShell.Run "cmd.exe /c バッチファイルの保存パス", 7


バッチファイルの保存パスが「C:\Bat\note.bat」の場合は、以下のようになります。
  Set WSHShell = CreateObject("WScript.Shell")
WSHShell.Run "cmd.exe /c C:\Bat\note.bat", 7


【補足事項】
・VBScriptからバッチファイルを実行するため、手間が増えます。
・コマンドプロンプトで実行する場合には、以下のようなコマンドもあります。
   START /B "実行するファイルパス"

このコマンドは、画面を非表示にするわけではない点に注意して下さい。
Windowsアプリケーションを実行する場合には、コマンドプロンプトの画面が非表示になったように見えますが、実行するファイルパスを開いてたコマンドプロンプト画面を使ってアプリケーションを動作させるだけです。
(通常は、新しいウィンドウを開いてアプリケーションを動作させます)