1998年春。15歳の榊原恒一（さかきばらこういち）（山�阜ｫ人）は、父親が仕事で海外に行くことになり、叔母の三神怜子（みかみれいこ）（加藤あい）がいる山間の地方都市・夜見山（よみやま）市でしばらく暮らすことになる。
転居早々恒一は気胸の発作で倒れてしまい、病院に担ぎ込まれる。入院中のある日、病院のエレベーターで恒一は制服を着た眼帯の美少女と出会う。その美しさに思わず見入ってしまうが、少女は不可解な言葉を残し地下の霊安室へと消えてしまう…。
病院から退院した恒一が夜見山北中学校の3年3組に登校すると、病院で出会った少女・見崎鳴（みさきめい）（橋本愛）が教室にいた。恒一は彼女が気にかかって仕方がなくなるが、彼女はクラス内で奇妙な扱いを受けていた。クラスメート全員や担任の先生までもが"まるで彼女など存在しないかのように"振舞っているのだ。もしや彼女の姿は自分にしか見えていないのか？彼女は幽霊なのか？恒一は不思議に思い、鳴に直接訊いてみようと追いかけるが、その都度見失ってしまう。それでも何とか恒一は鳴に辿り着くのだが、その瞬間をクラスメートの1人に目撃されてしまう。その直後、そのクラスメートが無残な事故で命を落としてしまう。
「ルール破ったからだ…」
別のクラスメートがそう呟いた。その後謎めいた図書室司書の千曳辰治（ちびきたつじ）（袴田吉彦）も現れ、3年3組の周りで次々と不吉な出来事が起こり、死者が増えていく。まるでクラスの中に死への扉を開いてしまったかのように…。
「気をつけて。もう始まってるかも知れない」
ミサキメイは実在するのか？！
そして、ルールとは？！
3年3組に一体何が起ころうとしているのか？！