いろいろ調べてみたところ、Documents and Settings\(LoginUser)\Local Settings\Application Data\(会社名)\(アプリ名)\(アセンブリバージョン)\
内にuser.configというファイルに保存されていることが判った。(下図)
user.configのなかみ
※このことで、前Tipsで一部不正確なところがありました。
アセンブリバージョンが変わるとアプリケーション設定(app.config)のMy.Settingsの内容が初期化されると説明しましたが、正しくはアセンブリバージョン別に設定(user.config)が管理されているために結果として初期化され、バージョンを戻すと該当バージョンの設定を再び読み込むようになっています。