ヤフーメールの過去のメールが消えます。

＃４です。

Gmailのアカウントを作成され、Yahooのアドレスを指定して、読込んだら復活ですか・・。

Yahooのサーバーに６万件があったということですね。
OEのアカウントの期間設定で削除に設定されていなかったので当然と言えば当然かも知れませんが、ブラウザでログインして表示されないのは変ですね。

現在、単にYahooメールの表示が、使用のブラウザでできていないだけかも知れませんね。
念のため、ブラウザのキャッシュとCookieを削除してみても表示されませんか？また、JavaScriptが有効になっていることも確認してください。
http://www.google.com/support/accounts/bin/answe …
http://sonobe.s5.xrea.com/knowhow/computer/set_s …

更に、他のFirefoxなどのブラウザでログインして確認してみたらよいのですが。
http://mozilla.jp/firefox/

それでも変化がないと、Yahooに聞いていただくしかないですね。
サーバーの使用容量は2GB制限だと思いますが、いかほどの使用量なのかも興味があります。

＃３です。

＞メールソフトと連動するのは受信箱だけですか？

そうですよ。YahooはPOP方式ですから。

GmailのようにIMAP方式だと、パソコンにはメッセージをダウンロードしないで、受信箱や送信箱など同期します。
メールソフトで送信しても、Webに反映して送信済みに表示されます。

なお、Yahooの受信メールで、サーバーにコピーを残す設定にして、Outlook Expressで受信したメールを、Web上で先に他の保存フォルダなどに移動した後に、Outlook Expressから削除しても、Web上では残ります。
４年前のものが私のwebでは保存状態です。

また、そのメールをもう一度、Web上で受信箱に移動してから、Outlook Expressで再受信することも可能ですよ。

受信箱に置いたままで、もし、受信箱から消えたのでしたら、メールソフトのアカウント設定にあるサーバーにメッセージを残す設定にある「一定期間経過したら削除する」設定が何らかの弾みで有効になったか、その機能に関係するメールソフト側の不調が原因で削除に働いた可能性があるのかも知れません。

Yahoo側の削除は、容量オーバーなどで自動削除はするようになっていますが、受信箱から先に削除はしないと思います。
http://help.yahoo.co.jp/help/jp/mail/management/ …

いずれにしてもメールソフトと連動する受信箱にずっと置いておくのはどうかなと思います。

　保存期間はメール・ソフト側で設定するものです。

メールを残す設定で、保存期間を設定していないですか？
もし、設定していないのに削除されてしまうのなら、メールソフトかサーバかどちらかの不具合です。
メールソフトを変更して検証する必要があります。