いじめ行為に対する警察の対応も問われた。自殺した生徒の父親は昨年１０〜１２月、滋賀県警大津署に被害届の提出を計３回試み、いずれも受理されなかった。福永正行副署長は取材で「遺書もなく、犯罪事実の認定に困難な部分があった」と理由を説明。伝聞を含むアンケート回答だけでは暴行などを立証するには証拠不十分と判断したとみられる。

　一方、損害賠償請求訴訟の遺族側代理人は「被害届は厳密に書かないといけないものではない。不明な点を捜査してほしいから被害届を出そうとしたのに、今回の件は『立件できる見込みがないから捜査できない』というようなもので本末転倒」と疑問視している。