藤井医師は、同誌に「データは真実だ」と主張する反論を寄せ、掲載された。だがデータの根拠などは示されておらず、真偽は不明なままとなった。筑波大の関係者によると、この投稿がきっかけとなって藤井医師への疑惑が学内に広がったというが、大学によると、学内で調査は行われなかった。藤井医師は０５年に東邦大へ移籍。東邦大で執筆した論文のうち９本に今年２月、再び不正の疑いが浮上。藤井医師は８本を撤回し大学から諭旨退職処分を受けた。

　同誌は今年３月に「００年の論文不正告発に対する本誌の対応が不十分だった」との謝罪記事を、スティーブン・シェイファー編集長名で掲載。シェイファー氏は毎日新聞の取材に対し「００年当時は不正の告発の前例や対応するための指針などもなく、編集部はさらなる解明に消極的だった」と説明している。