毎日新聞は四つのシナリオが記載された文書を関係者から入手した。シナリオ１は全使用済み核燃料を再処理し（全量再処理）ＦＲ実用化を目指す。シナリオ２は一部を再処理し残りを貯蔵しつつＦＲ実用化を判断するための研究開発を行う（実用化留保）。シナリオ３は一部を再処理し残りを捨て（直接処分）ＦＲ実用化を中止。シナリオ４は再処理せずすべて捨て（全量直接処分）ＦＲ実用化は中止する＝チャート図。シナリオ１、２ならば、もんじゅ関連の研究開発を続行できるが、３と４は中止を意味する。

　３月８日の秘密会議に四つのシナリオが提示されると、参加者は「小委員会の議論は全量再処理のシナリオ１や全量直接処分の４ではなく必ず真ん中（２か３）に寄ってくる。シナリオ３があると、これを選ぶ人（小委員会のメンバー）が出てくる」と発言。別の参加者が「ここは勝負どころ。シナリオ２が望ましく３はなくすべきだ」と述べ、シナリオ３を外すことを決めた。３月２２日の秘密会議にも四つのシナリオが記載された文書が配布されたが、司会役が「四つにしようという話があったが三つにした」と結論だけ伝え、議論はしなかった。