四代将軍家綱が幼いことから、江戸城内では将軍補佐役の保科正之(山村聰)と大老・酒井忠清(金子信雄)の権力争いが勃発、老中堀田正盛が暗殺される。甲賀お庭番頭・水口鬼三太(菅貫太郎)の言上により、犯人は伊賀忍の服部半蔵(千葉真一)と断定されるが、湯屋"雉子の湯"の主人・半さんとして静かに暮らしていた半蔵は無関係だった。甲賀衆による伊賀衆狩りが始まったため、半蔵は配下の伊賀衆を率いて"影の軍団"を結成、老中殺しの犯人をつきとめ、冤罪を晴らした。保科と手を結んだ半蔵は、幕府内での権力争いや陰謀に巻き込まれながら、甲賀衆や悪人たちと戦っていく……。
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